scrna-cell-type-annotator
该技能用于单细胞RNA数据的细胞簇自动注释：依据各簇差异表达标记基因，结合组织类型与物种，输出细胞类型预测、标记基因支持、置信度及备选建议，适用于聚类后注释、新细胞类型发现、跨研究比较与图谱构建。
Skill 广场
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更新于 11-05 00:16
数据与分析
17,418 个结果
sds-msds-risk-scanner
从化学品安全数据表（SDS/MSDS）中提取危害代码与安全信息的技能，输出 H 代码（危害声明）、P 代码（防范说明）、安全摘要卡与 PPE 建议，例如丙酮对应 H225、H319、H336。适用于实验室安全培训、危害沟通、应急响应与合规文档。
singlecell-portal
singlecell-portal 是一个通过 Broad Institute Single Cell Portal 官方 REST API 查询公共单细胞研究元数据的技能。无需 API 密钥，可按生物体、组织等条件检索研究，获取表位字典与研究详情，依赖仅为 requests。
smiles-de-salter
smiles-de-salter 是一个用于批量处理化学 SMILES 字符串的技能，可自动识别并去除盐离子部分，仅保留活性核心结构（API）。基于 RDKit 实现，支持 CSV/TSV/SMILES 输入，输出含脱盐结果与状态列。
spatial-transcriptomics-mapper
用于将 10x Genomics Visium/Xenium 空间转录组数据映射到组织切片图像上的分析工具，可绘制基因表达的空间分布图，并支持空间聚类可视化与形态特征关联分析。
ssgsea-immune-infiltration-analysis
基于 bulk RNA-seq 表达矩阵，用 ssGSEA/GSVA 估计免疫浸润水平并比较病例组与对照组的 R 技能，输出结构化结果表与可选 PDF 可视化。
statistical-analysis-advisor
统计检验推荐技能，根据数据类型、分组数、独立性与分布情况，建议使用T检验、ANOVA、卡方、Mann-Whitney或Kruskal-Wallis等方法，并提供假设检验与功效分析辅助，需人工复核。
string-database
用于访问 STRING 数据库的 Python 技能：可将基因/蛋白名映射为 STRING 标识符，获取蛋白互作网络与置信度，查找互作伙伴，进行功能与 PPI 富集分析，并下载静态网络图。
survival-curve-risk-table
survival-curve-risk-table 是一个医学研究技能，用于在 Kaplan-Meier 生存曲线下方自动对齐并添加 "Number at risk"（风险人数）表，按 NEJM、Lancet、JCO 等期刊样式生成可发表图表。
tf-target-gene-regulatory-network
该技能用于基于Dorothea数据库，从人类或小鼠基因列表中识别上游转录因子（TF），生成可导出的TF-靶基因网络表格和适合发表的PDF网络图，支持命令行运行、可重复分析与本地数据库离线使用。
time-dependent-roc
用于生存数据的时间依赖ROC曲线分析技能，可计算并绘制特定随访时间点的ROC曲线与AUC值。输入需含futime、fustat及数值型标志物列，支持CSV/TXT/TSV/Excel，输出AUC表、ROC点数据与PDF图。
tooluniverse-statistical-modeling
面向生物医学数据的统计建模技能，支持线性/logistic/有序回归、Cox比例风险、混合效应模型、ANOVA及常见统计检验，输出比值比、风险比、置信区间与p值等可发表结果。不用于机器学习预测、深度学习或因果推断。
toxicity-structure-alert
toxicity-structure-alert 是 aipoch/medical-research-skills 下的医学研究技能（Skill ID: 141），用于扫描药物分子结构（SMILES/SMARTS），识别潜在毒性结构警示（如芳香硝基、芳香胺、环氧化物等），评估毒性风险等级并生成结构化报告。依赖 Python 3.8+ 与 RDKit。仅供辅助参考，不能替代完整毒理学评估。
umap-tsne-analysis
基于 R 的 UMAP/t-SNE 样本级降维与可视化技能，对丰度或 OTU 型矩阵配合分组文件生成降维坐标与分组散点图，适用于生态与组学数据的样本聚类可视化。
uniprot-database
通过 REST API 直接访问 UniProt 的技能，用于蛋白质搜索、条目获取和标识符映射，适合需要程序化查询 UniProtKB 或自动化蛋白质注释检索的流水线，支持 JSON/TSV/FASTA 等输出格式。
univariate-multivariable-cox-regression
用于临床队列生存分析的单因素与多因素 Cox 比例风险回归技能，可输出风险比表格并绘制森林图。
upset-plot-converter
该技能用于把超过 4 个集合的复杂 Venn 图转换为更易读的 UpSet 图，便于展示集合交集。提供 scripts/main.py 脚本入口，支持集合字典或列表数据输入，可设置输出路径、标题、最小子集大小和最大交集数，输出为 PNG 图片。
uspto-database
面向美国专利商标局数据的脚本化工具集，可查询专利、申请审查历史、商标状态与转让信息，适合现有技术检索、审查时间线梳理和权属核查等场景。
variant-annotation
该技能用于从ClinVar和dbSNP数据库查询并注释基因变异，支持ACMG指南进行致病性评估，可查询临床意义、人群等位基因频率、疾病表型关联及功能预测，需Python 3.10+和联网访问NCBI接口。
volcano-plot-labeler
volcano-plot-labeler（ID: 148）是医学研究技能，用于自动识别并标注火山图中最显著的 Top 10 基因。它结合 p 值与倍数变化排序，用斥力算法避免标签重叠，支持统一的可复现工作流与结构化输出。依赖 Python 3.10+、matplotlib、numpy、pandas、scipy。
zinc-database
用于访问 ZINC22 可购买化合物库的技能，支持按 ZINC ID 或 SMILES 查询、相似性/类似物搜索、供应商目录交叉引用、随机采样，以及下载对接用 3D 结构。
airbyte-sdk-reference
Airbyte 按连接器划分的类型化 SDK 包的参考文档，可查询 SDK 公开 API、连接器发现方式，以及在 PydanticAI 与 Anthropic Python SDK 中接入类型化连接器的模式。
airtable-cli
airtable-cli 是 Airtable 官方提供的命令行工具（包名 @airtable/mcp-cli），通过 airtable-mcp 命令在终端中操作 Airtable。它从 MCP 服务器运行时动态获取工具列表，因此没有硬编码的命令清单。用户可以用它列出 bases、读写记录、管理表和字段、过滤与搜索数据。工具支持通过环境变量 AIRTABLE_TOKEN 或交互式 configure 命令配置个人访问令牌（PAT），并支持命名 profile、whoami 检查、logout 登出等凭据管理。输出默认为格式化 JSON，状态信息走 stderr，支持 --json、--output raw、--input -、--quiet 等参数，退出码区分成功、错误和用法错误。适合需要在脚本或智能体流程中自动化操作 Airtable 数据的场景。
alphafold-database
AlphaFold Database（AlphaFold DB）是由 DeepMind 与 EMBL-EBI 维护的公开蛋白质结构数据库，收录超过 2 亿个由 AI 预测的三维蛋白质结构。该技能用于按 UniProt ID 或蛋白名称检索结构预测、下载 PDB/mmCIF 坐标文件、分析置信度指标（pLDDT、PAE）、通过 Google Cloud 获取批量蛋白质组数据集，并将预测结果整合进计算工作流。适用于结构蛋白质组学、药物发现、蛋白质工程与进化研究等场景。数据以 CC-BY-4.0 许可免费开放，当前数据库版本为 v4。