SuperAPI AI 工具集

string-database

数据与分析

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更新于 10-16 03:12

技能介绍

用途:面向需要蛋白互作分析的研究场景,将基因符号(如 TP53)解析为 STRING 蛋白标识符,检索功能或物理层面的蛋白互作网络及其置信度分数,并可扩展候选蛋白列表、开展功能富集分析。

主要能力:ID 映射(在指定物种下把基因/蛋白名称转为 STRING 标识符);网络检索(获取带置信度分数的互作边);互作伙伴扩展(为靶蛋白补充相邻节点);富集分析(GO、KEGG、Reactome 等功能富集,PPI 富集统计,以及在 STRING 端点支持范围内的 PFAM/SMART 功能注释);可视化(下载 PNG/SVG 静态网络图)。

使用方式:依赖 Python >=3.8、requests(>=2.28)与 pandas(>=1.5),安装命令为 pip install requests pandas。客户端入口为 scripts/string_api.py 中的 StringClient,示例中通过 StringClient(caller_identity="my_analysis_tool") 初始化,再调用 map_id、get_network_image(可用 add_color_nodes 添加伙伴节点)、get_ppi_enrichment 等方法。STRING 端点不要求 API 密钥,但建议提供 caller_identity(项目名、邮箱或网址)以支持速率与负载管理,可在初始化时传入或用环境变量注入。多数操作需要物种标识,通常使用 NCBI 分类 ID(例如人类为 9606)。网络端点返回带置信度分数的互作,通常需在分析代码中按分数阈值过滤(是否在封装中暴露视实现而定)。静态图片直接从 STRING 图像端点获取并写入磁盘。更多原始 API 与端点说明见 references/string_reference.md。具体支持的富集类别、参数与返回字段以该技能文档和实际封装为准,资料未提供的细节暂未说明。