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uniprot-database

数据与分析

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更新于 10-15 16:45

技能介绍

用途:该技能通过 UniProt 的 REST API 直接进行蛋白质数据访问,适用于三类任务——用 Lucene 风格查询检索 UniProtKB、按登录号获取完整条目、以及在数据库之间映射标识符(如基因名、Ensembl ID、RefSeq ID 与 UniProt 登录号互转)。适合需要自动化获取蛋白质注释、构建生物信息流水线的场景,且无需额外 SDK。

主要能力:

  1. 蛋白质搜索:GET /uniprotkb/search,使用 Lucene 查询语法,可组合基因名、物种、是否经人工审核等条件,支持 size、fields、sort 等参数。示例查询:gene:BRCA1 AND organism_id:9606。
  2. 条目获取:GET /uniprotkb/{accession},按登录号(如 P38398)获取完整记录,格式可选。
  3. 标识符映射:采用异步工作流,先 POST /idmapping/run(参数 from、to、ids),再轮询 GET /idmapping/status/{jobId} 至 FINISHED,最后 GET /idmapping/results/{jobId}?format=json 取结果。ids 可为列表或逗号分隔字符串。

使用方式:依赖 Python >=3.8 与 requests >=2.31.0。基础地址为 https://rest.uniprot.org。默认输出格式为 json,也可指定其他格式以获得文本结果。脚本中通过 requests.get/post 调用,并在 id_mapping 中设置 poll_interval_s 控制轮询频率以避免过多请求。

限制:from_db/to_db 必须使用 UniProt 支持的数据库标识符;查询语法与可用字段需参考随附的 references/query_syntax.md 与 references/api_fields.md。响应格式与字段以 UniProt API 实际返回为准。资料未提供收费、价格、平台或性能指标等信息。