用途：输入人类或小鼠基因列表，从Dorothea数据库反向识别调控这些靶基因的上游转录因子，并输出TF-靶基因网络数据表和网络图。
主要能力：匹配输入基因与Dorothea靶基因，提取调控性TF，计算TF频次；生成边表与节点表并保存为Excel；用tidygraph和ggraph绘制网络，布局、颜色、形状、连线等可调；支持本地.rds数据库加速与离线使用，仅在置信度A、B、C内筛选高可信互作。
使用方式：入口为scripts/main.R，运行Rscript scripts/main.R --gene "TP53,MYC,EGFR" --species human --output_dir ./TF_Result --seed 42；也可用--gene_file提供txt或csv基因文件。人类基因用全大写符号，小鼠基因仅首字母大写，使用官方符号而非别名。需先安装optparse、dplyr、openxlsx、tidyverse、tidygraph、ggraph、showtext等CRAN包，可选安装dorothea；本地数据库可运行Rscript database/database-get.R生成dorothea_hs.rds和dorothea_mm.rds，并用--db_path指定。可视化规范值为英文标记fr、curve、diamond、triangle、square。输出包括TF_Network_Plot.pdf、tf_network.xlsx、TF_Target_Filtered_Core_<species>.xlsx、session_info.txt和tf.Rdata，存放在TF_Result下的data、plot、table子目录。
适用场景：分析人类或小鼠基因列表的上游TF调控网络，需要可重复CLI执行及发表级网络图时。
限制：不用于差异表达、通路富集、细胞类型注释、生存分析或多组学整合；不能推断Dorothea已整理关系之外的因果方向；输入基因须先标准化，别名或混合物种符号不适用；仅支持human和mouse；大基因列表（超过500个）查询可能耗时数分钟；目前无--timeout_seconds参数。