用途:对临床生存队列的时间-事件数据运行单因素与多因素 Cox 比例风险回归,识别与结局相关的预后变量,并导出风险比(HR)表格与森林图。
主要能力:analyze 命令拟合单因素 Cox 模型,再用单因素中 p<0.05 的显著变量构建多因素模型(若显著变量少于 3 个则回退为使用全部指定特征);可跳过单因素筛选直接拟合多因素模型。forest-plot 与 multi-forest-plot 命令读取结果表生成单页 PDF 森林图。输出含 prognosis_uni_cox_results.xlsx、prognosis_multi_cox_results.xlsx、analysis_data.rds 与 session_info.txt,结果表列包括 Characteristics、Total(N)、HR (95% CI)、P value、feature。
使用方式:
Rscript scripts/main.R analyze
--data_file ./clinical_data.csv
--features age,gender,stage,risk
--time_col futime
--event_col fustat
--output_dir ./output/
--seed 42
森林图:
Rscript scripts/main.R forest-plot --data_file ./output/table/prognosis_uni_cox_results.xlsx --plot_save ./output/plot/uni_forest_plot.pdf
多因素森林图:
Rscript scripts/main.R multi-forest-plot --data_file ./output/table/prognosis_multi_cox_results.xlsx --plot_save ./output/plot/multi_forest_plot.pdf
输入要求:分析输入须为 CSV,样本 ID 作为首列行名;time_col 须为大于 0 的有限数值;event_col 仅含 0 和 1;过滤缺失行后至少 10 个完整样本与至少 2 个事件。绘图输入为 analyze 生成的 .xlsx/.xls/.csv 结果表。
限制:不适用于列线图构建与校准、时间依赖 ROC 或外部预后模型验证,也不用于二分类诊断或差异表达等非生存结局。错误码包括 SKILL_INVALID_PARAMETER、SKILL_FILE_NOT_FOUND、SKILL_MISSING_COLUMNS、SKILL_EMPTY_DATA、SKILL_PACKAGE_NOT_FOUND。依赖的 R 包与具体价格、平台等资料暂未提供。