用途:对带随访时间与事件状态的生存数据,计算并绘制时间依赖ROC曲线,得到各时间点的AUC,用于评估数值型风险标志物的预测能力。
主要能力:支持CSV、TXT、TSV、TAB、XLS、XLSX输入;可指定多个预测时间点;可自定义标志物列;支持IPCW加权方法aalen、marginal、cox;可设置时间单位(year/month/day)及天数自动换算;输出AUC表、ROC点数据、PDF图与会话信息。
使用方式:需在shell中可用Rscript,并安装optparse、timeROC、survival、ggplot2,Excel输入另需openxlsx。安装命令:Rscript -e 'install.packages(c("optparse", "timeROC", "survival", "ggplot2", "openxlsx"), repos="https://cloud.r-project.org")'。主命令:Rscript scripts/main.R --data_file <input_file> --times <comma_separated_times> --output_dir <output_dir>。常用参数:--times默认1,3,5;--marker_col默认risk_score;--output_dir默认./TimeROC_Results;--time_unit默认year;--auto_convert_days默认TRUE;--weighting默认aalen;--cause默认1。
输入要求:必须含futime与fustat列;标志物列须存在且可转为数值;缺失futime、fustat或标志物的行会被排除;至少需5个完整行且目标事件至少1例。
输出结构:data/time_roc_points.csv或.txt、table/time_roc_auc.csv或.txt、figure/time_roc.pdf、session_info.txt。AUC结果字段含time、time_unit、auc、marker_col、n_complete、n_events;ROC点字段含false_positive_rate、sensitivity、time、time_unit、auc、curve_label。
限制与错误:缺少--data_file会以SKILL_MISSING_INPUT退出;常见错误包括SKILL_FILE_NOT_FOUND、SKILL_MISSING_COLUMNS、SKILL_INVALID_DATA、SKILL_INVALID_PARAMETER、SKILL_INSUFFICIENT_DATA、SKILL_DEPENDENCY_MISSING。更多统计假设、CLI示例与排错见references/algorithm.md、references/cli-guide.md、references/troubleshooting.md。