SuperAPI AI 工具集

scrna-cell-type-annotator

数据与分析

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更新于 10-16 07:29

技能介绍

用途:scrna-cell-type-annotator 是一个面向单细胞 RNA 数据分析的技能,用标记基因(marker genes)对细胞簇进行自动注释,属于数据分析类工作流。

主要能力:根据每个簇的差异表达基因(cluster_markers)预测细胞类型,并给出标记基因支持、置信度水平和备选类型建议;支持指定组织类型(tissue_type)与物种(species,如人/小鼠)。示例:Cluster 1 的 IL2RA、CD3D 可注释为 CD4 T 细胞。

使用方式:脚本入口为 scripts/main.py。可先校验脚本可解析,再查看帮助: python -m py_compile scripts/main.py python scripts/main.py --help 依赖安装:pip install -r requirements.txt。运行前需确认输入路径、输出路径、范围过滤、阈值及领域约束;若脚本使用固定设置,可编辑文件内 CONFIG 块或文档化参数,然后运行 python scripts/main.py。

适用场景:聚类后注释、新细胞类型发现、跨研究比较、图谱构建。

限制与风险:需要 Python 3.10+ 与 pandas(版本未指定);无外部 API 调用,但会读写本地文件,输出保存到工作区;代码在本地执行,属中等风险。若输入缺失或任务超出文档范围,应停止并说明缺失字段,不猜测、不扩大范围;脚本失败时报告失败点并给出人工回退方案。当前状态为 Draft,已知问题:无;计划改进包括性能优化与更多功能支持。具体性能指标、准确率与收费信息暂未提供。