用途：从 bulk RNA-seq 表达矩阵估计相对免疫浸润，比较一个病例组与一个对照组的免疫富集得分，并生成结构化结果表和可选 PDF 可视化。不适用于单细胞 RNA-seq、空间转录组、绝对免疫细胞比例估计或解卷积，也不用于临床诊断、治疗建议或任何医疗决策。
主要能力：默认使用 ssGSEA 验证路径，也支持 GSVA 方法；计算免疫浸润评分、组间比较、免疫细胞 Spearman 相关矩阵及 p 值；可生成样本层面组成图、组间箱线图、相关热图及基因-免疫细胞散点图。输出包括 rds 结果对象、长/宽格式评分表、组间比较表、相关矩阵，以及 run_record.txt、output_manifest.txt、session_info.txt。
用法：输入需为 CSV 或 TSV。表达矩阵首列为基因标识，其余列为样本数值；分组文件含样本列和分组列；基因集文件含 gene、cell_type 及可选 immunity_class。运行示例：Rscript scripts/main.R --input_file ./expression_matrix.csv --group_file ./group_info.csv --gene_set ./immune_gene_sets.csv --case_group treatment --control_group control --output_dir ./output --method ssgsea --seed 42。常用参数包括 --kcdf（Gaussian/Poisson）、--min_sz、--max_sz、--parallel_sz、--tau、--mx_diff、--gene_id_case、--timeout_seconds、--sample_col、--group_col、--make_plots、--verbose。可用 Rscript scripts/main.R --help 查看帮助。
限制：gsva 仅在本地验证过的核函数下可用，当前审计环境以 Gaussian 为记录基线。执行失败可查阅 references/troubleshooting.md；常见错误有 SKILL_FILE_NOT_FOUND、SKILL_MISSING_COLUMNS、SKILL_EMPTY_DATA、SKILL_INVALID_PARAMETER、SKILL_SAMPLE_MISMATCH、SKILL_PACKAGE_NOT_FOUND、SKILL_TIMEOUT。测试可运行 Rscript tests/run_tests.R 与 Rscript tests/test_skill.R。价格、平台与运行环境要求资料未提供。