用途：对丰度或 OTU 型特征矩阵做样本级降维与可视化，需同时提供分组文件，用于观察样本聚类与组间分离。
主要能力：支持 t-SNE 与 UMAP（--method 可选 tsne、umap 或 both）；UMAP 前可归一化（默认 hellinger，走 vegan::decostand()）；按组着色并绘制分组椭圆；固定随机种子保证可复现；输出坐标 CSV、PDF 图、会话信息与分析对象 rda。
使用方式：先装依赖 Rscript scripts/install_dependencies.R，再运行 Rscript scripts/main.R --input_file ./otu_table.csv --group_file ./group_info.csv --output_dir ./output/ --method both --seed 42。输入矩阵为特征行、样本列的 CSV/TSV，首列为特征 ID；分组文件至少两列（样本 ID、组标签）。
限制：需至少 2 组且每组至少 2 个样本，单组输入报 SKILL_INVALID_PARAMETER；分组文件样本 ID 须与矩阵列一致；不适用于差异表达、单细胞专用流程、无分组的聚类或缺失值填补。环境未装包时会先报 SKILL_PACKAGE_NOT_FOUND，需先装依赖再排查文件错误。依赖基线版本见 dependencies.lock.tsv。