用途:从ClinVar与dbSNP数据库查询并注释基因变异的临床意义,结合ACMG指南给出致病性评估,属于医学研究类证据洞察技能。
主要能力:提供临床显著性分类(致病、可能致病、VUS、可能良性、良性)、基于ACMG/AMP指南的致病性评分(按证据项赋分并映射分类阈值)、人群等位基因频率(gnomAD、ExAC、1000 Genomes)、疾病与表型关联、功能预测(SIFT、PolyPhen、CADD等),并输出结构化注释结果。
输入格式:支持rsID(如rs80357410)、HGVS cDNA、HGVS蛋白、HGVS基因组、VCF风格(chr17:43094692:G>A)以及“基因:氨基酸改变”形式。
使用方式:可调用Python API中的VariantAnnotator进行单条或批量查询,也可用命令行运行脚本,例如:python scripts/main.py --variant rs80357410;python scripts/main.py --file variants.txt --output results.json;python -m py_compile scripts/main.py 与 python scripts/main.py --help 用于可解析性和帮助验证。参数包括--variant、--file、--output、--format(默认json)、--api-key、--delay(默认0.34)。依赖Python 3.10+及requirements.txt。
限制:需联网查询数据库;NCBI接口默认限速3次/秒,使用API key可提升至10次/秒;部分变异可能不在ClinVar中;复杂变异的HGVS解析可能失败;并非所有变异均有人群频率;功能预测仅为计算估计。工具仅供研究与教育用途,注释结果不应作为临床决策的唯一依据,ACMG分类为算法估计,可能与专家评审不同。技术难度标注为高,AI独立验收状态为需人工检查。