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toxicity-structure-alert

数据与分析

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更新于 10-15 16:45

技能介绍

用途:在药物分子中发现潜在毒性结构警示(structural alerts),通过扫描 SMILES/SMARTS 结构给出毒性类型与风险等级,用于数据分析和审查型解读。

主要能力:扫描分子结构(SMILES/SMARTS);识别已知毒性结构警示;评估潜在毒性风险等级;生成结构化报告(支持 text/json 与 basic/standard/full 细节级别)。内置警示结构包括:Aromatic Nitro(致突变,高)、Aromatic Amine(致癌,高)、Epoxide(烷化剂,高)、Aldehyde(反应性毒性,中)、Acyl Chloride(反应性毒性,中)、Michael Acceptor(亲电毒性,中)、Hydrazine(肝毒性,高)、Haloalkyl(烷化剂,高)、Quinone(氧化应激,中)、Thiol-Reactive Groups(蛋白结合,低-中)。风险分 HIGH/MEDIUM/LOW 三档。

使用方式:依赖 Python 3.8+ 与 RDKit,可用 pip install -r requirements.txt 安装依赖。先校验脚本:python -m py_compile scripts/main.py,再查看帮助:python scripts/main.py --help。 运行示例:python scripts/main.py --input <smiles_string> [--format json|text]。 参数:--input/-i 输入 SMILES 字符串(必填);--format/-f 输出格式,可选 json 或 text(默认 text);--detail/-d 细节级别,可选 basic、standard、full(默认 standard)。 示例:python scripts/main.py -i "O=N+c1ccccc1";python scripts/main.py -i "O=C1OC1c1ccccc1" -f json;python scripts/main.py -i "c1ccc2c(c1)ccc1c3ccccc3ccc21" -d full。 Python API:from scripts.main import ToxicityAlertScanner;scanner = ToxicityAlertScanner();result = scanner.scan("O=N+c1ccccc1");print(result.alerts)。

适用场景:药物分子毒性结构筛查、ADMET 早期评估辅助、需可复现且可审查输出的数据分析任务、需明确假设与有界范围的执行流程。

限制:基于已知警示结构,不能替代全面毒理学评估;可能存在假阳性与假阴性;建议与其他 ADMET 预测工具配合使用。运行失败或输入不完整时应说明阻塞点并给出人工回退路径;缺失事实暂未提供。