bulk-rna-seq-deseq2-analysis-with-omicverse
该技能用于在 OmicVerse 中复现 DESeq2 差异表达分析流程：读取 featureCounts 计数矩阵、映射 Ensembl ID 到基因符号、通过 ov.bulk.pyDEG 运行 PyDESeq2、设置倍数变化与 p 值阈值，以及进行 GSEA 富集可视化。
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更新于 11-05 00:16
数据与分析
17,403 个结果
bulk-wgcna-analysis-with-omicverse
在 OmicVerse 中复现 WGCNA 加权基因共表达网络分析流程：数据加载、软阈值选择、模块检测、模块特征基因、枢纽基因与性状关联分析。
bulktrajblend-trajectory-interpolation
BulkTrajBlend 轨迹插值技能：用匹配的 bulk RNA-seq 数据，通过 beta-VAE 与 GNN 解卷积并生成中间细胞，补全 scRNA-seq 发育轨迹中被中断的细胞状态。
data-io-loading
OmicVerse 的数据读写技能：用 ov.read() 与 ov.io.* 系列读取 h5ad、10x H5/MTX、Visium、Visium HD、Nanostring SMI 等单细胞与空间数据，并提供 ov.io.save/load 序列化，替代 scanpy 的 IO 函数。
data-stats-analysis
基于 scipy 与 statsmodels 的本地统计技能，可做 t 检验、ANOVA、相关分析、假设检验与多重检验校正，兼容各类 LLM 提供方。
data-transform
面向数据处理与预处理的通用技能，使用 pandas、numpy 和 scikit-learn 在本地完成数据清洗、归一化、重塑、筛选、合并与特征工程，兼容各类大模型服务商。
data-viz-plots
基于 matplotlib 与 seaborn 本地生成出版级科研图表的技能，支持散点图、折线图、热图、小提琴图、柱状图及多面板组合图，兼容 GPT、Gemini、Claude、DeepSeek、Qwen 等任意 LLM 提供方。
datasets-loading
OmicVerse 内置数据集模块，提供 30+ 可直接加载的单细胞、空间、多组学基准数据集，支持自动下载、缓存与失败时回退到模拟数据，并含合成数据生成和预设基因集签名。
gsea-enrichment-analysis
OmicVerse 中的基因集富集分析与通路富集技能，说明 geneset 数据格式与 API 正确用法：必须先用 ov.utils.geneset_prepare() 加载基因集为字典，再传给 ov.bulk.geneset_enrichment()，不能直接传文件路径。
omicverse-cross-modal-celltype-transfer
OmicVerse 跨模态细胞类型标签迁移技能：在参考 AnnData 与查询 AnnData 共享的嵌入（如 X_glue）上，用加权 KNN 将参考的细胞类型标签迁移到查询对象，并写回预测标签与不确定度分数。
omicverse-microbiome-da-comparison
在同一个微生物组 AnnData 上运行 Wilcoxon、pyDESeq2、ANCOM-BC 三种差异丰度方法，按统一 FDR 比较命中集合，生成三元 Venn 与共识/方法特有属报告。
omicverse-single-cell-cellvote-consensus
OmicVerse 的单细胞注释共识工具，通过 ov.single.CellVote 把 SCSA、gpt4celltype、GPTBioInsightor、scMulan、PopV 等注释器的标签按簇整合为共识标签，支持在线 LLM 仲裁与离线本地多数投票。
omicverse-single-cell-kb-alignment
用于从 FASTA/GTF 构建 kb 参考并量化单细胞 FASTQ 的 OmicVerse 技能，输出计数矩阵。
omicverse-single-cell-lda-topic-clustering
OmicVerse 单细胞 LDA 主题聚类技能，基于 MIRA 后端对计数型 AnnData 拟合 LDA 主题模型，预测主题使用度，并可选生成硬聚类标签或 RFC 分类标签。
omicverse-single-cell-liana-communication
在已标注的单细胞 AnnData 上运行 LIANA+ 配体-受体推断，将结果整理为以发送者→接收者方向为单位的通信 AnnData，并按 CellChat 通路分类，再用 ov.pl.ccc_heatmap 绘制多种细胞通信图。
omicverse-single-cell-monocle2-trajectory
在 AnnData 上运行 Monocle2 风格单细胞轨迹分析，基于 ov.single.Monocle 类完成 DDRTree 拟时序、分支检测、沿拟时序的基因差异检验与 BEAM 分支依赖基因分析，并配合 OmicVerse 绘图栈可视化。
omicverse-visualization-for-bulk-color-systems-and-single-cell-d
OmicVerse 绘图技能：用于复现批量转录组与单细胞数据的可视化，涵盖火山图、韦恩图、箱线图、嵌入图、密度图、气泡图、凸包、堆叠柱状图及故宫配色体系。
spatial-transcriptomics-tutorials-with-omicverse
OmicVerse 空间转录组教程技能，覆盖 Visium/HD、Stereo-seq、Slide-seq 的预处理、反卷积与下游分析，提供各阶段函数调用、参数建议与常见问题排查。
string-protein-interaction-analysis-with-omicverse
该技能通过 STRING 数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用：提交基因列表、查询物种对应的 STRING 交互、构建 PPI 网络并绘制分组着色的网络图，适用于对差异表达基因或脂质代谢等基因集合做互作探索。
tcga-bulk-data-preprocessing-with-omicverse
用于通过 OmicVerse 的 ov.bulk.pyTCGA 预处理 TCGA bulk RNA-seq 数据：读取 GDC 样本表、表达档案与临床元数据，构建含原始计数、FPKM 和 TPM 层的 AnnData，并进行 Kaplan-Meier 生存分析。
0xarchive
0xArchive API Skill，可通过 curl 查询 Hyperliquid、Lighter.xyz 与 HIP-3 的历史及实时加密市场数据，涵盖订单簿、成交、K线、资金费率、未平仓量、清算和数据质量指标；所有接口需 x-api-key 认证。
financial-market-analysis
基于 Yahoo Finance 数据的金融市场分析技能，可解析公司名称或股票代码，汇总股价表现、新闻情绪与投资评级，并将报告自动同步至 Firebase。支持 /market 命令调用。
gdpr-dsgvo-expert
用于 GDPR 与德国 DSGVO/BDSG 合规的自动化技能，可扫描代码库中的隐私风险、生成 DPIA 文档、跟踪数据主体权利请求，并提供合规模板与参考指南。
polymarket-ai-divergence
polymarket-ai-divergence 是一个用于扫描 Simmer AI 价格与 Polymarket 市场价格差异的技能，帮助发现潜在交易机会。基于 API 拉取市场数据并计算背离度，支持按高背离、看涨、看跌等条件筛选，输出文本或 JSON。