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omicverse-single-cell-cellvote-consensus

数据与分析

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更新于 10-16 02:38

技能介绍

用途:对已有两个及以上注释器标签的 AnnData,按聚类簇生成统一共识标签,写入 obs['CellVote_celltype'],用于多注释器结果整合。

主要能力:构造 CellVote(adata) 后,可调用 cv.scsa_anno()、cv.gpt_anno()、cv.gbi_anno()、cv.scMulan_anno()、cv.popv_anno(...) 生成各注释器列;再用 cv.vote(clusters_key、cluster_markers、celltype_keys、model、base_url、species、organization、provider、result_key) 仲裁,返回簇到标签的字典。

两种仲裁方式:在线由 LLM 依据候选标签、簇标记基因与物种/组织上下文投票,需 provider、model、api_key;离线为本地多数投票,需在调用 vote 前 monkey-patch omicverse.single._cellvote.get_cluster_celltype 为本地函数,按小写候选频次取最大,确定性且免费。

适用场景:PBMC 等单细胞数据的多注释器共识;可用 rank_genes_groups 构建每簇 5–10 个标记基因传入。

限制:在线需外网与 API key,标记基因不足时 LLM 可能返回 unknown;不同注释器标签词汇不统一(如 CD8 T 与 CD8+ T cell)会干扰离线投票,需先用 cellmatch 标准化;两个注释器平票按字母序。单独运行各注释器、Cell Ontology 映射、MetaTiME、跨模态迁移不在本技能范围内。价格、完整平台支持等信息暂未提供。