omicverse-single-cell-liana-communication

用途：基于 OmicVerse，对预处理并已注释细胞类型的单细胞 AnnData 做细胞间通信（CCC）分析：用 LIANA+ 做配体-受体推断，默认 rank_aggregate 聚合 CellPhoneDB、NATMI、Connectome、SingleCellSignalR、CellChat 等方法得到共识排序，再整理成通信 AnnData 并按 CellChat 通路分类，最后绘图。主要接口：ov.single.run_liana(adata, groupby=..., method='rank_aggregate', resource_name='consensus', key_added='liana_res', inplace=True)，结果存于 adata.uns['liana_res']；ov.single.to_comm_adata(...) 将结果转为通信 AnnData（obs 为有向发送-接收对，var 为配体-受体对，var['classification'] 为通路标签）；ov.pl.ccc_heatmap(...) 支持 dot、tile、heatmap、focused_heatmap、pathway_bubble、role_heatmap、role_network 等绘图模式，可用 sender_use、receiver_use、signaling 聚焦特定方向或通路。限制与前提：需已注释的 AnnData（obs 含细胞类型列），adata.X 需为对数归一化表达，否则特异性评分无意义；需自行 pip install liana，OmicVerse 默认不随附；CellChat 通路分类依赖内置映射；多条件比较需将结果堆叠并加 condition 列。具体收费与平台信息暂未提供。