用途：把 OmicVerse alignment 笔记本中的单细胞流程整理为可复用技能，先从 FASTA/GTF 构建 kb 参考，再用 OmicVerse alignment 封装把单细胞 FASTQ 量化为计数矩阵。技能止于计数矩阵，笔记本后续的 QC、预处理、缩放与 PCA 属于通用下游步骤，应单独处理。
主要能力：使用 ov.alignment.single.ref(...) 构建参考包，使用 ov.alignment.single.count(...) 对匹配的 FASTQ 进行量化，并返回发现的输出路径；可选加载生成的 adata.h5ad。ov.alignment.ref 与 ov.alignment.count 是别名，笔记本使用 ov.alignment.single 命名空间。
必要用法：ref 需要 fasta_paths 加 gtf_paths，或通过 d 提供预构建参考包；count 需要 ref 产生的 index_path 与 t2g_path。fastq_paths 可为单个文件或列表，双端 10x 数据需同时传 R1 与 R2。output_path 需可写，必要时会自动创建。默认 workflow='standard'，核/速度流程用 nucleus=True 或 workflow='nucleus'，其他 ref 工作流包括 lamanno、nac、kite、custom；technology 如 '10XV3' 需与文库化学匹配。technology='BULK' 会禁用条码过滤，此时不得设置 filter_barcodes 与 filter_threshold；count 中 tcc=True 与 mm=True 互斥，封装优先 tcc；需要快速 AnnData 产物时设 h5ad=True。
验证：ref 后 ref_info['index_path'] 与 ref_info['t2g_path'] 应存在；count_info 应包含磁盘上存在的 h5ad_file、matrix_file、barcodes_file、genes_file 等；h5ad=True 时加载 adata.h5ad 确认形状；确认 technology='BULK' 加 filter_barcodes=True 会抛出 ValueError。
限制：需依赖与运行时注意事项见 references/compatibility.md；分支选择见 references/workflow-selection.md；笔记本到边界的映射见 references/source-notebook-map.md；签名与源码行为见 references/source-grounding.md。安装命令、价格、收费与效果等事实暂未提供。