用途:在 OmicVerse 中执行 GSEA 与通路富集分析,并提供基因集数据格式与 API 用法的关键指引,避免常见错误。
主要能力:加载通路数据库(GO、KEGG、Reactome、WikiPathway 等),对差异基因列表做富集分析,并可视化结果。
使用方式(关键格式要求):ov.bulk.geneset_enrichment() 需要基因集字典而非文件路径。第一步运行 ov.utils.download_pathway_database() 获取通路数据库;第二步用 ov.utils.geneset_prepare('genesets/GO_Biological_Process_2021.txt', organism='Human')(或 .gmt 文件)加载为字典;第三步将该字典通过 pathways_dict 参数传入 ov.bulk.geneset_enrichment(gene_list=deg_genes, pathways_dict=pathways_dict, pvalue_type='auto', organism='Human')。可视化使用 ov.bulk.geneset_plot(enr_go_bp, figsize=(6,8), num=10);多数据库对比可合并为字典后用 ov.bulk.geneset_plot_multi(enr_dict, colors_dict, num=5)。
适用场景:DEG 结果的 GO/KEGG 富集分析、多数据库通路富集结果对比。
支持的文件格式:.txt 与 .gmt 用 ov.utils.geneset_prepare() 加载;.json 需 json.load() 后再转换。
限制与注意事项:不要将文件路径字符串直接传给 geneset_enrichment();未下载数据库会报缺失文件错误;需保证基因符号大小写匹配(人类大写、小鼠首字母大写)且 organism 参数与数据一致;基因列表建议超过 10 个基因;可提供 background 参数提高准确性。官方未提供具体收费、价格或平台信息。