用途:对已预处理的微生物组 AnnData(16S 扩增子流程输出,样本×ASV 且 var 含 7 级 SINTAX 分类),在同一两组对比上运行 ov.micro.DA 的三种差异丰度方法并比较结果。
主要能力:先用 ov.micro.collapse_taxa(adata, rank='genus') 折叠到属水平;再分别运行 Wilcoxon(非参数秩检验,快)、pyDESeq2(原始计数上的 NB-GLM,含 LFC 收缩)、ANCOM-BC(组成偏差校正,需 skbio>=0.7.1)。在统一 FDR(通常 0.05)下构建显著特征集合,统计三方 Venn(各方法独有、两两重叠、三者共有),可用 matplotlib_venn.venn3 绘图;报告三者交集作为最强共识,以及 Wilcoxon∩ANCOM-BC 作为较宽松约定。
使用方式:安装依赖 pip install pydeseq2 与 pip install skbio>=0.7.1;加载 16S 流程生成的 h5ad,保留恰好两组,折叠到属,依次调用 wilcoxon、deseq2、ancombc(group_key、group_a、group_b、min_prevalence=0.1 等参数)。注意列名差异:Wilcoxon/DESeq2 用 fdr_bh,ANCOM-BC 可能为 q_value 或 fdr_bh;勿混淆 pvalue 与 FDR。
适用场景:中等规模队列、需方法稳健性或方法学论证的报道。
限制:输入需由 omicverse-microbiome-16s-amplicon-dada2 生成;仅支持两组对比,三组及以上或重复测量/配对、跨队列元分析、系统发育感知分析均超出范围;建议每组 n>=10 且披露队列规模、稀疏度与 FDR/min_prevalence。小样本或高零膨胀时 ANCOM-BC 偏保守、DESeq2 假设易失效。