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数据与分析

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更新于 10-16 02:38

技能介绍

OmicVerse 在 ov.io 下提供自有数据读取器,用于替代 scanpy 的 IO 函数,在格式处理、空间几何支持和 Rust 后端方面有增强。在 OmicVerse 项目中应始终使用 ov.io.,不要回退到 sc.read_。

用途与主要能力:统一入口 ov.read(path, backend='python') 根据扩展名自动识别格式,.h5ad 返回 AnnData,.csv/.tsv/.txt(含 .gz)返回 DataFrame;大文件可用 backend='rust'(需装 snapatac2,用完调用 adata.close())。单细胞读取包括 ov.io.read_h5ad、ov.io.read_10x_h5(自动识别 v2/v3)、ov.io.read_10x_mtx(支持 gene_symbols/gene_ids、压缩与未压缩、gex_only 等)。空间读取包括 ov.io.spatial.read_visium、ov.io.read_visium_hd(自动判断 bin 或 seg)、read_visium_hd_bin、read_visium_hd_seg、ov.io.read_nanostring。序列化用 ov.io.save(obj, path) 与 ov.io.load(path)。

使用方式:按格式选择对应函数,例如 adata = ov.read('pbmc3k.h5ad')、ov.io.read_10x_mtx('filtered_feature_bc_matrix/')、ov.io.spatial.read_visium('outs/')、ov.io.read_nanostring(path, counts, meta)。读取前建议用 Path 校验文件或目录结构。

限制:read_visium 位于 ov.io.spatial 而非 ov.io 一级;Rust 后端为可选依赖;Visium HD 分割需 geopandas 与 shapely;不支持的扩展名会抛 ValueError;大 h5ad 内存不足可用 backed='r' 或 Rust 后端。文档未给出价格与平台信息。