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omicverse-visualization-for-bulk-color-systems-and-single-cell-d

数据与分析

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更新于 10-16 02:38

技能介绍

用途:帮助用户复现或改编 OmicVerse 绘图教程中的图表,涵盖批量 RNA-seq、配色系统与单细胞可视化三类场景,对应教程 t_visualize_bulk.ipynb、t_visualize_colorsystem.ipynb、t_visualize_single.ipynb。

主要能力: 批量可视化:ov.pl.venn 显示最多 4 组差异基因列表重叠;ov.pl.volcano 绘制火山图(可设 qvalue、log2FoldChange、sig_pvalue、sig_fc、palette);ov.pl.boxplot 比较分组分布。 配色系统:ov.pl.ForbiddenCity() 提供故宫色,如 fb.get_color(name='凝夜紫');可用 ov.pl.green_color、ov.pl.red_color 等预定义调色板,套用 ov.pl.get_cmap_seg(colors, name='custom') 构建分段渐变,并传入 Matplotlib/Scanpy 绘图函数。 单细胞可视化:预处理 adata = ov.pp.preprocess(adata, mode='shiftlog|pearson', n_HVGs=2000);ov.pl.embedding 绘制嵌入图;ov.pl.optim_palette 自动优化配色;ov.pl.cellproportion 绘制比例图(kind='area' 转面积图);embedding_celltype、ConvexHull、contour、embedding_adjust、embedding_density 等辅助工具;空间基因密度用 ov.pl.calculate_gene_density 后叠加至 embedding。另有 single_group_boxplot、bardotplot、dotplot、marker_heatmap。 ov.pl.plot1cell 绘制 plot1cell 风格环形 UMAP,簇为扇区(长度正比 log10 细胞数),可加多条同心元数据轨道,单次调用示例:ov.pl.plot1cell(adata, clusters='cell_type', basis='X_umap', tracks=['compartment','tissue','sex','age'], point_size=2, point_alpha=0.35, figsize=(10,10), label_fontsize=7)。点大小按队列规模调整:约 1 万细胞 point_size=6、alpha=0.5;5 万用 2、0.35;10 万用 1、0.25;20 万以上用 0.8、0.2。tracks 顺序决定同心环,最相关元数据放最前;basis 支持任意二维嵌入键。20 万以上队列可切片 adata = adata[:, :200].copy() 以省内存。可用 cluster_palette 与 track_palettes 自定义配色。

使用方式:导入 import omicverse as ov 及 matplotlib.pyplot as plt 等;绘图前调用 ov.ov_plot_set()(或 ov.plot_set(),依版本)应用默认样式;通过 ov.read(...) 载入数据或由用户提供 AnnData/CSV。绘图前务必校验数据,检查目标列是否在 adata.obs.columns、目标嵌入是否在 adata.obsm.keys()。完成后用 fig.tight_layout() 并 fig.savefig('plot.png', dpi=300, bbox_inches='tight') 导出,并记录颜色映射以确保可复现。

限制与常见问题:缺少 AnnData 键、调色板名称与类别不匹配、中文字体渲染、adata.obs 中找不到目标列等;需先完成聚类或注释再可视化。参考资料为上述教程 notebook 与 reference.md。具体收费、平台与维护信息暂未提供。