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更新于 11-04 00:13

数据与分析

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genomics-workflow-acceleration

该技能用于在现有基因组学工作流中引入 NVIDIA Parabricks 加速。它会检查工作流结构,将 CPU 步骤映射到 Parabricks 对应工具,并以可选方式在原工作流中并行添加 GPU 加速步骤,通过运行时开关(如 params.use_parabricks)控制启用,默认关闭以保持原有 CPU 行为。适用于 Nextflow、Snakemake、WDL、Python 等框架,支持将 BWA-MEM、MarkDuplicates、BaseRecalibrator、HaplotypeCaller、DeepVariant 等步骤映射到 pbrun 或 nf-core Parabricks 模块。技能强调不删除原 CPU 步骤、不声称结果完全一致,需通过开关关闭与开启的 A/B 对比验证后再用于生产。

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