用途:对已完成聚类、达到注释就绪状态的 AnnData 对象进行细胞类型注释。三个后端为互斥分支,同一输入输出约定,不应串联执行;原始 counts 需先经 OmicVerse 预处理流程(QC、preprocess、neighbors、leiden、umap)再进入本技能。
主要能力: celltypist 分支支持使用已有 .pkl 模型,或用 query_reference(source="celltypist") 选择模型并下载。 gpt4celltype 分支基于 LLM 从簇标记基因生成标签,需提供 AGI_API_KEY。 scsa 分支基于标记数据库打分,需本地 SCSA 数据库。
使用方式:创建一次 obj = ov.single.Annotation(adata),仅选择一个后端并传入该分支参数。CellTypist 流程为 query_reference → download_reference_pkl → add_reference_pkl → annotate(method="celltypist")。LLM 分支设置环境变量后调用 annotate(method="gpt4celltype", cluster_key="leiden", ...);仅需提示词时可调用 gptcelltype(...) 辅助函数。SCSA 分支调用 add_reference_scsa_db 后 annotate(method="scsa", ...)。
校验:celltypist 检查 adata.obs["celltypist_prediction"]、obsm 中的 decision_matrix 与 probability_matrix;gpt4celltype 检查 adata.obs["gpt4celltype_prediction"];scsa 检查 adata.obs["scsa_prediction"]。执行前确认 cluster_key 存在于 adata.obs,且已具备注释就绪数据。
限制:不要使用笔记本本地绝对路径;不要假定环境已安装 celltypist;仅提示词回退路径在 gptcelltype(...),不在 annotate(method="gpt4celltype");harmony、scVI、scanorama 虽在源码中存在但属超出范围扩展;SCSA 校验键需与所运行分支对齐。更多参数行为需查阅参考文档,资料未提供收费、价格与效果信息。