SuperAPI AI 工具集

omicverse-single-cell-preprocessing

数据与分析

查看项目

更新于 10-16 02:38

技能介绍

用途:把原始或已质控的单细胞 AnnData 转为可复用的处理链,覆盖 QC、预处理、PCA、邻居图、嵌入、Leiden 聚类,并可选做标记基因发现。标记发现与聚类对象共用同一流程,故保留在同一技能内。

主要能力:ov.pp.qc 做 QC 与双细胞过滤;ov.pp.preprocess 做归一化与高变基因选择,默认 mode='shiftlog|pearson';ov.pp.scale 生成 scaled 层;ov.pp.pca 将 PCA 存入 scaled|original|X_pca;ov.pp.neighbors 构图;ov.pp.umap/mde/tsne/sude 可选嵌入;ov.pp.leiden 聚类;ov.single.find_markers 与 ov.single.get_markers 提取标记,ov.pl.markers_dotplot 绘图。

使用方式:先检查 AnnData 的 shape、layers 及是否已有 cluster key。原始数据先 ov.pp.qc,已过滤则直接预处理;选一条预处理分支后保留 HVG 输出,再做 scale、PCA、neighbors 与嵌入,图存在后跑 leiden。需标记基因时按输入表示选方法,再调用 find_markers 与 get_markers 或 markers_dotplot,写出前校验 obs、var、obsm、obsp、uns 键。minimal 示例:import omicverse as ov; ov.settings.cpu_init(); adata = ov.pp.qc(...); adata = ov.pp.preprocess(...); ov.pp.scale(adata); ov.pp.pca(...); ov.pp.neighbors(...); ov.pp.umap(adata); ov.pp.leiden(adata, resolution=1.0); ov.single.find_markers(...)。

适用场景与限制:原始计数且无图时走完整流程;已归一化聚类只缺标记提取或点图时直接跳至标记发现。cosg 需原始计数,wilcoxon、t-test、logreg 需对数归一化数据,二者须分开。不要硬编码笔记本数据路径或本地环境名;scrublet 未必适用于极小样本,冒烟检查应保持轻量合成。不要隐式选择 mode、method、use_rep;若仅验证冒烟路径,须说明并非全量复现。ov.settings.cpu_gpu_mixed_init() 仅作运行时开关,不构成技能边界。更多分支与签名细节见 references 目录下文档。