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数据与分析

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更新于 10-16 02:33

技能介绍

用途:生成蛋白质-配体三维结构可视化,适合展示分子结构、药物靶点或蛋白复合物。

主要能力:脚本串起完整流程——从 PubChem 自动查询药物 SMILES;从内置药物-靶点表解析蛋白靶点(也可手动传入序列);将蛋白与药物提交 OpenFold3 NIM 做共结构预测;生成内联 jQuery 与 3Dmol.js 的自包含 HTML,保存到 canvas。查看器头部显示 OpenFold3 的 Confidence、pLDDT、pTM、ipTM 置信度分数。

用法:最简形式 python /sandbox/clinical-intelligence/scripts/build_viewer.py --drug metformin;不在内置表内的药物需显式提供序列,如 --drug drugname --sequence AMINOACIDSEQ --title "Custom Title"。可选参数有 --title、--output(默认 ~/.openclaw/canvas/{drug}_complex.html)、--openfold-host(默认 172.17.0.1)。内置靶点涵盖 metformin、atorvastatin、rosuvastatin、lisinopril、enalapril、losartan、amlodipine、empagliflozin、semaglutide 等。

适用场景:药物靶点展示、蛋白-配体界面分析、结构预测结果可视化。

限制:药物不在内置表且未提供 --sequence 时会报错并列出已知药物;生物制剂、酶混合物或复杂制剂(如 pancrelipase、insulin glargine)因 PubChem 无法解析出单一 SMILES,只能做仅蛋白的结构预测。输出后需以 markdown 链接引用,如 View 3D structure。