database
面向数据库优化、查询调优、迁移与运维的技能，适用于排查数据库性能问题、设计表结构与执行日常运维任务。
Skill 广场
找到适合任务的 Agent Skill，阅读介绍并复制安装命令。
更新于 10-27 00:15
数据与分析
17,003 个结果
langsmith-dataset
用于从 LangSmith 追踪记录自动生成评测数据集的技能，支持 final_response、single_step、trajectory、RAG 四种数据集类型，可导出 JSON/CSV 或上传至 LangSmith。
obsidian-bases
用于创建和编辑 Obsidian Bases（.base 文件）的技能，支持视图、过滤器、公式与汇总配置，让兼容 skills 的智能体生成合法的 YAML 数据库式笔记视图。
cellxgene-census
CZ CELLxGENE Census 是一个提供标准化单细胞基因组学数据集合访问能力的 Python 技能，数据源自 CZ CELLxGENE Discover。它支持按细胞类型、组织、疾病等元数据条件查询超过 6100 万个来自人类和小鼠的细胞，获取原始基因表达矩阵与预先计算的嵌入和统计信息，并能与 scanpy、PyTorch 等分析工具集成，用于群体规模的单细胞数据探索与机器学习。
cosmic-database
COSMIC 癌症体细胞突变数据库访问技能，可通过 Python 脚本下载突变、肿瘤基因普查、突变特征、基因融合、拷贝数与耐药突变等数据，用于癌症研究与精准医学分析。需注册账号（学术免费、商业需授权）。
datamol
datamol 是 RDKit 之上的 Pythonic 化学信息学封装库，提供分子格式转换、标准化、描述符与指纹、3D 构象、聚类、骨架与片段分析等简化接口，适合标准药物发现流程。
ena-database
ENA Database 技能用于通过 REST API 与 FTP 访问欧洲核苷酸档案库（European Nucleotide Archive，ENA），检索 DNA/RNA 序列、原始测序读段（FASTQ）、基因组组装及功能注释等数据，适用于基因组学与生物信息学流程。该技能覆盖 ENA 的层级化数据类型（研究/项目、样本、实验、运行、组装、序列、分析、分类记录），提供 Portal API、Browser API、分类学 REST API、交叉引用服务与 CRAM 参考序列注册表等程序化访问方式，并支持 XML、JSON、TSV/CSV、FASTQ、BAM/CRAM、FASTA、EMBL 等多种格式。所有 API 限速为每秒 50 次请求，超出将返回 HTTP 429。技能还包含批量下载（FTP、Aspera、enaBrowserTools）与 BLAST 集成等实践建议，并附带 API 参考文档。
etetoolkit
ETE（Environment for Tree Exploration）是一个系统发育与层次树分析工具包，支持 Newick/NHX 等格式读写、进化事件检测、直系/旁系同源判定、NCBI 分类数据库集成，以及 PDF/SVG 等出版级可视化。
geo-database
该技能用于访问 NCBI GEO 公共基因表达与功能基因组学数据库，搜索和下载微阵列、RNA-seq 数据集（GSE、GSM、GPL），检索 SOFT/Matrix 文件，并支持将 GEO 数据接入计算分析流程。
hmdb-database
HMDB（人类代谢组数据库）是一个免费开放的小分子代谢物综合资源库，收录人体内水溶性和脂溶性代谢物信息。当前版本 v5.0 包含 220,945 条代谢物条目、8,610 条代谢相关酶与转运蛋白序列，每条代谢物提供 130 多个数据字段，涵盖化学性质（结构、分子式、分子量、InChI、SMILES）、临床数据（生物标志物关联、疾病、正常/异常浓度）、生物学信息（通路、反应、定位）、波谱数据（NMR、MS、MS-MS）以及 KEGG、PubChem、MetaCyc、ChEBI、PDB、UniProt、GenBank 等外部数据库链接。该技能适用于代谢组学研究、临床化学、生物标志物发现和代谢物鉴定等任务，支持通过网页界面进行文本、结构（ChemQuery）、波谱和高级组合检索，也提供 XML、SDF、FASTA、TXT、CSV/TSV 等格式的批量数据下载。HMDB 不提供公开 REST API，程序化访问需联系开发团队，或使用 R/Bioconductor 的 hmdbQuery 包及本地解析下载数据集。学术和非商业研究免费使用，商业用途需获得明确许可。
kegg-database
KEGG Database 是一个通过 REST API 直接访问 KEGG（京都基因与基因组百科全书）的技能，仅限学术用途。它支持通路分析、基因-通路映射、代谢通路查询、药物相互作用检查以及 ID 转换等操作，主要面向 Python 环境。该技能提供 Python 辅助函数（scripts/kegg_api.py）和详细参考文档（references/kegg_reference.md），涵盖数据库信息查询、条目列表、关键词与分子属性搜索、条目检索、ID 转换、交叉引用和药物-药物相互作用等核心操作，并附带多种常见分析工作流。
metabolomics-workbench-database
该技能通过 REST API 访问美国 NIH 资助、托管于 UCSD 的 Metabolomics Workbench 代谢组学数据平台，可查询 4,200 多项研究（其中 3,790+ 项公开）、RefMet 标准化代谢物命名、GC-MS/LC-MS/NMR 数据、m/z 搜索及研究元数据。支持按 PubChem CID、InChI Key、KEGG ID、HMDB ID 等标识符检索化合物信息，下载 MOL/PNG 结构，访问研究摘要与实验数据（含 mwTab 格式），按离子加合物和质量容差进行质谱搜索，使用 MetStat 按分析方法、极性、色谱类型、物种、样本来源、疾病等条件筛选研究，并查询基因与蛋白质信息。输出支持 JSON 与 TXT 两种格式。适用于代谢组学数据检索、代谢物命名标准化、质谱化合物鉴定和疾病相关研究探索。
pdb-database
用于访问 RCSB PDB 中蛋白质与核酸三维结构数据的技能：可按文本、序列或结构相似性搜索，下载 PDB/mmCIF 坐标文件，获取元数据，并支持批量操作，服务于结构生物学、药物发现与蛋白工程等研究。
pubchem-database
通过 PUG-REST API 与 PubChemPy 查询 PubChem 化学数据库（1.1 亿以上化合物、2.7 亿以上生物活性记录），支持按名称、CID、SMILES、InChI、分子式检索，获取分子性质、相似性与子结构搜索、生物活性数据及标识符转换。
scikit-bio
scikit-bio 是一个用于生物数据处理的 Python 库，覆盖序列分析、比对、系统发育树、多样性指标（alpha/beta、UniFrac）、排序分析（PCoA）、PERMANOVA 等，支持 FASTA、Newick、BIOM 等多种生物信息格式的读写，适用于微生物组与生态学数据分析。
scvi-tools
scvi-tools 是一个基于 PyTorch 与 PyTorch Lightning 的单细胞基因组学概率建模 Python 框架，为 scRNA-seq、scATAC-seq、CITE-seq、空间转录组等多种模态提供深度生成模型与统一 API，支持降维、批次校正、数据整合、差异表达和细胞类型注释等分析。
uniprot-database
UniProt Database 是一个通过 REST API 直接访问 UniProt 的技能，用于蛋白质序列与功能信息的检索与分析。它支持按名称、基因、登录号或物种搜索蛋白质，以 FASTA 等格式获取序列，在 UniProt 与 Ensembl、RefSeq、PDB 等外部数据库之间进行 ID 映射，并访问 Swiss-Prot/TrEMBL 注释。该技能提供 Python 客户端脚本，封装搜索、单条获取、批量检索、ID 映射和流式下载等常用操作，适合生物信息学中的蛋白质查询与数据获取工作流。
zinc-database
ZINC是由UCSF维护的免费可购买化合物数据库，含2.3亿以上化合物。可通过ZINC ID或SMILES检索、相似性搜索、随机采样，并下载可用于分子对接的3D结构，服务于虚拟筛选与药物发现。
anndata-data-structure
AnnData 是单细胞基因组学中的注释矩阵数据结构，在 X 中存储观测×变量矩阵，并保存 obs/var 元数据、layers、嵌入（obsm/varm）、图结构（obsp/varp）与 uns。支持稀疏矩阵、H5AD/Zarr 存储、大文件 backed 模式，并与 Scanpy、scvi-tools、Muon 集成。
bioservices-multi-database
BioServices 提供统一 Python 接口访问 40+ 生物信息学 Web 服务，覆盖 UniProt、KEGG、ChEMBL、ChEBI、PubChem、UniChem、PSICQUIC、QuickGO 与 BLAST 等，内置缓存、限流与输出格式处理，适合蛋白质检索、通路发现、化合物跨库映射、序列比对与 GO 注释等场景。
busco-status-interpretation
解读 BUSCO 完整性状态：说明为何 Duplicated 也算完整、如何解析输出文件、如何计算并比较不同组装或蛋白质组的完整性，并列出常见误用与报告规范。
cbioportal-database
cBioPortal 癌症基因组学数据库的 REST API 技能，可查询 TCGA、ICGC 等研究的体细胞突变、拷贝数变异、基因表达与临床数据（生存、分期、治疗），无需 API 密钥，用 Python requests、pandas、matplotlib 访问。
cellxgene-census
CZ CELLxGENE Census 是人类与小鼠单细胞 RNA 测序数据的标准化聚合资源，可编程访问 6100 万以上细胞，支持按细胞类型、组织、疾病和供体元数据查询，返回 AnnData 对象或 PyTorch 数据加载器。
clinvar-database
通过 NCBI E-utilities 查询 ClinVar 数据库的工具技能，可按基因、rsID、疾病或评审状态检索变异临床意义与致病性，支持 ESearch、ESummary、EFetch 与 FTP 批量数据。