etetoolkit

ETE（Environment for Tree Exploration）是用于系统发育与层次树分析的工具包，可操作树结构、分析进化事件、可视化结果，并与生物数据库集成，服务于系统发育基因组学与聚类分析。

用途与主要能力：

1. 树操作与分析：读写 Newick、NHX、PhyloXML、NeXML；按前序/后序/层序遍历；剪枝、定根、折叠节点、解析多分支；计算分支长度与拓扑距离；用 Robinson-Foulds 距离比较树。
2. 系统发育分析：PhyloTree 可关联 FASTA/Phylip 比对，自动或自定义物种名提取，检测复制与物种形成事件，识别直系同源与旁系同源，按复制拆分基因家族。
3. NCBI 分类集成：NCBITaxa 首次实例化自动下载约 300MB 分类数据库至 ~/.etetoolkit/taxa.sqlite，支持 taxid 与学名互转、获取谱系、构建分类树并注释。
4. 可视化：输出 PNG、PDF、SVG，支持矩形与环形布局、交互式 GUI、NodeStyle 与 Faces 自定义样式。
5. 聚类分析：ClusterTree 关联数据矩阵，计算轮廓系数、Dunn 指数等指标，并绘制热图。
6. 树比较：计算 RF 距离、归一化 RF、分区差异与共识树。

使用方式：安装 pip install ete3；渲染或 GUI 可选 pip install ete3[gui]，macOS 可 brew install qt@5，Ubuntu/Debian 可 sudo apt-get install python3-pyqt5 python3-pyqt5.qtsvg。命令行脚本示例：python scripts/tree_operations.py stats tree.nw、python scripts/quick_visualize.py tree.nw output.pdf。

适用场景：系统发育基因组学流程、树预处理与格式转换、出版级图件、批量树分析。

限制：首次使用 NCBI 分类需下载约 300MB 数据库；渲染依赖 Qt 系统库；超大树上万叶节点建议用迭代器而非列表；具体收费、平台与效果资料暂未提供。