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zinc-database

数据与分析

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更新于 10-16 02:30

技能介绍

用途:ZINC是UCSF维护的免费可购买化合物库,当前主力版本ZINC22收录2.3亿以上可购买化合物,并提供大规模按需合成化合物。用于虚拟筛选、先导化合物发现、结构相似性与类似物检索、按ZINC ID或供应商代码取回化合物、化学空间探索及分子对接准备。

主要能力:支持按ZINC ID检索(可一次传多个ID);按SMILES检索,配合dist/adist进行相似性搜索;按供应商代码或目录查询;随机采样化合物,并可指定subset(如fragment、lead-like、drug-like)。可用output_fields自定义返回字段,包括zinc_id、smiles、sub_id、supplier_code、catalogs、tranche。tranche编码氢键供体数、LogP×10、分子量与反应性phase。3D结构通过文件仓库https://files.docking.org/zinc22/提供,格式含MOL2、SDF、DB2.GZ。

使用方式:网页入口为https://zinc.docking.org/,交互检索用https://cartblanche22.docking.org/。API调用示例:curl "https://cartblanche22.docking.org/substances.txt:zinc_id=ZINC000000000001&output_fields=smiles,zinc_id";相似性检索:curl "https://cartblanche22.docking.org/smiles.txt:smiles=c1ccccc1&dist=3&output_fields=zinc_id,smiles,tranche";随机采样:curl "https://cartblanche22.docking.org/substance/random.txt:count=100"。返回文本或JSON,可用pandas解析。

限制:官方声明不保证任何分子的质量,也不对使用数据库产生的错误负责;化合物可购买性可能变化,结构表示可能有误,供应商信息需自行核实。数据库版本除ZINC22外还有ZINC20与ZINC15。用于商业用途时需核实许可条款,并遵守所在机构规范。使用时应控制请求频率,批量下载3D结构可考虑并行工具。

其他事实(如确切的收费模式、具体价格、性能指标等)暂未提供。