pdb-database

用途：通过 RCSB PDB（全球生物大分子三维结构数据库）检索、下载和分析实验测定结构及计算模型，可跨 20 万以上条目做搜索。主要能力：文本搜索（蛋白名、关键词、描述）、属性搜索（物种、分辨率、实验方法等）、序列相似性搜索与三维结构相似性搜索，并可用逻辑运算符组合复杂查询；按 PDB/ mmCIF/ BinaryCIF 格式下载坐标文件及生物组装文件；获取条目、聚合物实体等层级的结构元数据、实验方法与质量指标；对多个结构执行批量取数。用法：安装官方 Python 客户端 pip install rcsb-api（旧代码可 pip install rcsbsearchapi），随后从 rcsbapi.search 与 rcsbapi.data 模块调用 TextQuery、AttributeQuery、SequenceQuery、StructSimilarityQuery 及 fetch、Schema 等接口，也可用 GraphQL 自定义查询；坐标文件可直接由 https://files.rcsb.org/download/{PDB_ID}.pdb 或 .cif 下载，解析可搭配 BioPython。适用场景：药物发现（靶点结构、配体结合位点、复合物比较）、蛋白工程（同源建模、突变体比较）、结构生物学分析与教学可视化。限制：具体收费、授权与速率限制等细节资料未完整提供，请以官方文档为准；AlphaFold 与 ModelArchive 条目以 AF_ 或 MA_ 前缀标识，与常规 PDB 条目的处理方式不同。