tooluniverse-immune-repertoire-analysis
面向T细胞与B细胞受体测序数据的免疫组库综合分析技能。用于分析TCR/BCR组库,评估克隆性、多样性、V(D)J基因使用、CDR3序列特征、克隆扩增与趋同,并可结合单细胞表型与纵向组库追踪,适用于适应性免疫应答、克隆扩增与抗原特异性研究。
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更新于 10-30 00:12
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面向T细胞与B细胞受体测序数据的免疫组库综合分析技能。用于分析TCR/BCR组库,评估克隆性、多样性、V(D)J基因使用、CDR3序列特征、克隆扩增与趋同,并可结合单细胞表型与纵向组库追踪,适用于适应性免疫应答、克隆扩增与抗原特异性研究。
用于代谢组学研究的技能:识别与注释代谢物、查询 MetaboLights 和 Metabolomics Workbench 研究、按关键词搜索研究,并生成结构化 Markdown 报告。整合 HMDB、MetaboLights、Metabolomics Workbench 与 PubChem 数据。
该技能用于代谢组学数据分析,覆盖代谢物鉴定、定量、质量控制、归一化、探索性分析、差异分析、通路富集和多组学整合等环节。可处理 LC-MS、GC-MS、NMR 数据,也支持靶向与非靶向平台。技能可对峰表或原始谱图进行代谢物数据库匹配(HMDB、KEGG、PubChem),进行 QC 过滤、缺失值处理、批次校正和 log 变换或标度化,并通过 PCA、PLS-DA、OPLS-DA 等方法展示样本结构与组间差异。差异分析部分包含 t 检验、ANOVA、Wilcoxon 和多重检验校正,可输出火山图和热图。通路分析包含代谢物集富集与 KEGG/Reactome/BioCyc 通路映射及拓扑影响评估。还支持代谢物与酶表达的相关性分析,以及基于 FBA 的代谢通量分析。适用于差异代谢物发现、代谢通路失调研究、代谢生物标志物筛选和多组学整合等场景。
该技能用于基于全基因组关联研究(GWAS)汇总统计数据,构建并解读复杂疾病的多样多基因风险评分(PRS)。它可从 GWAS 数据库提取全基因组显著变异(p < 5e-8),利用效应量(beta 系数)建立加权 PRS 模型,根据个体基因型数据计算风险分数,并将结果解读为人群百分位和风险类别。该技能通过 ToolUniverse 的 GWAS 工具查询 GWAS Catalog(EMBL-EBI)和 Open Targets Genetics。其计算采用加权求和公式 PRS = Σ (dosage_i × effect_size_i),并将原始分数标准化为 z 分数以便比较。数据来源和工具名称均在资料中明确给出。该技能不用于诊断疾病、不替代临床评估或遗传咨询、不纳入非遗传因素,也不提供治疗建议。资料特别指出其仅用于教育研究目的,未经临床验证,准确性依赖 GWAS 与目标人群的祖源匹配。
生物序列检索工具,可从 NCBI 与 ENA 获取 DNA、RNA 和蛋白质序列。该工具通过基因/物种消歧、登录号类型识别(如 RefSeq 的 NC_、NM_、NP_ 与 GenBank/EMBL 记录)以及跨数据库处理,帮助用户获得准确的序列数据,并生成包含序列属性、统计信息、注释摘要、备选序列和交叉引用等内容的序列档案报告。使用时应始终以英文术语调用工具(基因名、物种名、序列描述),即使用户使用其他语言;仅当英文无结果时才尝试原始语言术语,最终以用户语言返回结果。
该技能面向临床基因组学中的结构变异(SV)分析,提供系统化工作流。可对缺失、重复、倒位、易位及复杂重排进行分类,并结合基因含量、剂量敏感性、人群频率等证据,依据 ACMG 适配标准给出致病性评估。其核心特征包括报告优先方法、显式证据分级(★级)、剂量敏感性评估、断点精度判断,以及使用 gnomAD 等数据库进行人群频率评估。分析流程覆盖两个阶段。该技能适合有芯片或测序 CNV 数据、需要判断缺失或重复是否致病、需要 SV 的 ACMG 分类、评估基因剂量效应,或分析染色体大片段重排的场景。工具调用默认使用英文术语,回复使用用户语言。具体可用平台、价格与限制暂未提供。
ToolUniverse 变异分析(tooluniverse-variant-analysis)是一套面向生物信息学问题的 VCF 处理、变异注释、突变分析与结构变异(SV/CNV)解读技能。它把本地生物信息学计算与 ToolUniverse 数据库集成相结合,用于回答关于 VCF 数据的分析问题、突变分类、变异过滤和临床注释。资料中明确列出的触发场景包括:用户提供 VCF 文件(SNV/indel 或 SV)并询问其内容;变异等位基因频率(VAF)过滤问题;突变类型分类查询(如错义、无义、同义);结构变异解读请求(缺失、重复、CNV);变异注释请求(ClinVar、gnomAD、CADD、dbSNP);使用 ClinGen 剂量敏感性进行 CNV 致病性评估;队列比较问题;群体频率过滤;内含子/基因间变异过滤;基因剂量敏感性查询。资料给出的示例问题包括 VAF < 0.3 的变异中错义突变的占比、过滤内含子/基因间变异后剩余的非参考变异数量、影响 BRCA1 的缺失的临床意义、与 chr17 上 500kb 重复重叠的剂量敏感基因等。该技能以七阶段工作流组织,覆盖解析、分类、过滤、统计、注释、报告生成以及结构变异与 CNV 分析。
Vaex 是一个面向超大规模表格数据的高性能 Python 库,采用惰性求值和核外(out-of-core)DataFrame 设计,用于处理和分析超出内存容量的数据集。资料称其每秒可处理超过十亿行数据,可在数十亿行规模的数据集上进行交互式探索与分析。它支持从 HDF5、CSV、Arrow、Parquet 文件以及 pandas DataFrame、NumPy 数组和字典加载数据,提供过滤、虚拟列、表达式、分组聚合、字符串与日期时间处理、缺失值处理等能力,并支持绘制一维/二维图、热力图等交互式可视化。Vaex 还提供与 scikit-learn、XGBoost、CatBoost 等框架的机器学习集成,包括特征缩放与编码、PCA 降维、K-means 聚类以及模型序列化与部署。典型使用场景包括天文数据、金融时间序列等大规模科学数据集,以及需要惰性求值和虚拟列以避免内存开销的场合。使用方式上,可通过 vaex.open 打开文件、vaex.from_pandas 从 pandas 创建 DataFrame,并使用 export_hdf5 等导出数据。
Zarr 是一个用于存储大规模 N 维数组的 Python 库,支持分块与压缩存储,适用于并行 I/O、云原生工作流,并能与 NumPy、Dask 和 Xarray 集成。它通过分块(chunking)将大型数组切分为可独立读写的小块,配合压缩编解码器降低存储占用,同时支持本地文件系统、内存、ZIP 文件以及 S3、GCS 等云存储后端。Zarr 还提供组(Group)与层级结构,用于组织多个数组,并支持属性元数据、并发同步与合并元数据等特性。本技能介绍其安装方式、数组创建与读写、分块策略、压缩配置、存储后端、与 NumPy/Dask/Xarray 的集成、并行计算与性能优化等内容,面向大规模科学计算场景。
Buyback Monitor 是一个围绕股票回购(share repurchases)与资本回报可持续性展开研究的技能,面向需要分析回购授权、回购节奏、股本稀释与回购对比等问题的场景。它把分析过程结构化为确认输入、按需拉取数据、套用分析框架、生成最终交付物四个步骤,并给出可复用的监控清单与结论模板。输出以执行摘要开头,随后给出证据,覆盖关键数据、解读、风险、监控指标和后续步骤。该技能强调标注数据截止日期与单位、不编造缺失数值、区分信号与叙事,并声明仅提供信息、不构成投资建议。适合用户在询问回购、股东回报或资本回报可持续性时使用。
分红与配股跟踪技能,用于跟踪历史分红、分红配股方案、除权除息与交易提醒,评估股东回报与分红可持续性。适用于查询分红记录、配股方案、除权除息、股息率等场景。
Earnings Reaction Analyzer 是一个面向财报后市场反应的分析类技能,用于研究股票在财报公布后的缺口、漂移与波动率变化,并将这些价格反应与公司指引、业绩超预期或不及预期等因素联系起来,帮助用户定义后续的监控价位。该技能以结构化工作流运行,先与用户确认分析范围(股票池、时间窗口、输出偏好和约束条件),再按需拉取数据,缺失数据时会明确说明数据缺口并请用户提供替代输入。分析结果以执行摘要开头,随后展示证据,最终按照输出模板生成包含关键数据、解读、风险、监控要点与后续步骤的可复用交付物。该技能强调数据必须标注截止日期与单位,不得编造缺失值,并需区分“信号”与“故事”,明确列出哪些条件会改变结论。其输出仅供参考,不构成投资建议。
从ESG(环境、社会、治理)视角筛选和分析A股上市公司的技能,可评估可持续发展实践、争议事件与负责任投资标准,用于ESG投资、可持续投资、绿色投资、公司治理评估、争议筛查及排除清单等场景。
监控因子拥挤度与因子收益分化,用于识别拥挤交易与风格挤压/轮动风险。当用户询问因子拥挤度、风格拥挤或需要因子轮动风险提示时使用。
流动性与冲击成本评估器(liquidity-impact-estimator):评估个股或组合的流动性风险与交易冲击成本代理,涵盖成交量、换手率、价量结构、滑点与冲击成本启发式,用于仓位与交易可行性判断;适用于询问流动性风险、可交易性、滑点/冲击成本或下单规模建议时。
编排组合监控流程的技能,面向投研与风控场景,整合集中度、相关性/风格暴露、流动性、情景压力等维度,输出结构化监控报告。适用于用户要求全面诊断或持续监控其组合时,信息性输出,不构成投资建议。
该 Skill 基于领星 ASIN 360 或同类日业务报表,以及用户自行导出的 SIF 日级关键词自然排名 JSON,回测 CVR 与核心词、稳定词自然排名波动的关系,输出观察线、危险线、广告 CVR 确认线,用于站外放量期间判断 CVR 偏低是否伴随排名波动风险。
zframes-brief 是 zframes 仪表盘的每日市场简报技能。每次运行会读取用户仪表盘上的交易符号,拉取这些符号的市场快照,对前一天的预测进行打分,并生成当天的新分析与可核查的预测,最后追加写入一个日志文件。该技能只负责分析,不修改仪表盘配置;它与 /zframes(负责构建和编辑仪表盘)是姊妹技能。分析结果由仪表盘的 daily-analysis 框架渲染最新日志条目。适合希望让自己的市场终端随时间变得更精准、并希望用可追踪的方式记录每日判断的用户。
面向移动端(Kotlin/Swift)的分析埋点集成模式,涵盖事件与屏幕追踪、用户属性、Firebase Analytics、自定义分析提供方以及隐私合规(同意管理与 ATT)。
Algolia 事件埋点指导技能,用于 Insights、分析、个性化、动态重排、Recommend 与商品运营反馈闭环。帮助产出事件分类、载荷清单、去重规则与验证计划,并区分可采集事件与真正可被下游功能使用的事件。
do-work 是 allenai/asta-plugins 中的一项技能,用于端到端执行一个状态为 ready 的工作项:按照 work/<slug>/README.md 中已批准的 # Instructions 计划执行,把产出写入 work/<slug>/data/,并在 # Results 中记录实际执行情况,随后移交给 review-work。
基于 NOAA/NWS 天气预报数据,为 Polymarket 天气预测市场寻找定价偏差并下单的工具,提供扫描、预测、计算优势、下注及自动下注等命令。
费米估算技能:当用户需要量化答案却缺少精确数据,或需要快速得到数量级判断时,将目标量拆解为可估算因子并相乘,追求正确的数量级而非精度,输出目标定义、分解表、乘积、区间与合理性校验。
Skill System EDA 是一个面向 CSV 与 parquet 数据集的探索性数据分析(EDA)技能。它通过 scripts/eda.py 生成确定性的 EDA 产物,当前稳定后端为表格型 EDA,并提供 explore 作为多模态入口。核心能力包括模态检测、数据集画像、分布报告、相关性矩阵、异常画像、特征重要性扫描、泄漏检测,以及数据契约的生成与校验。所有分析使用 Polars(而非 pandas)进行数据 IO 与聚合,配合 numpy、scipy 完成位移、相关性、KS 检验与 Cramer's V,仅在可用时使用 sklearn 做特征排序。profile.yaml 作为机器可读的事实来源,report.md 作为人类可读的伴生报告。命令默认写入摘要记忆,并可为每个 warning/critical 发现单独写入记忆;在记忆写入失败或设置 EDA_DISABLE_MEM_PY=1 时,回退到 .memory/pending/。该技能还提供 graph-viz,将表格数据转为图可视化产物,生成 index.html、graph.json、sliders.json,并记录 renderer_hint、preview_applied 与浏览器边数上限,用于大型图时显式回退到预览边。