用途:面向代谢组学研究的技能,用于代谢物识别与注释、研究信息检索、按关键词搜索研究,并生成结构化研究报告。
主要能力:四阶段流程。第一阶段按代谢物名称查询 HMDB,获取 HMDB ID、化学式、分子量、描述和通路,HMDB 不可用时回退 PubChem 获取 CID 与化学性质。第二阶段按研究 ID 获取元数据,前缀 MTBLS 对应 MetaboLights,ST 对应 Metabolomics Workbench。第三阶段按关键词搜索 MetaboLights 研究并返回匹配 ID。第四阶段输出数据库概览与近期研究样本。报告为 Markdown,含时间戳、输入参数摘要、分阶段小节,缺失字段标为 N/A。
使用方式:输入参数均为可选,包括 metabolite_list(代谢物名称列表)、study_id(MTBLS* 或 ST*)、search_query(疾病、化合物、生物体或方法关键词)、organism(默认 Homo sapiens)、output_file(.md 报告路径,默认按时间戳自动生成)。工具自动加载,无需手动配置。HMDB 为 SOAP 工具,HMDB_search 需 operation="search",HMDB_get_metabolite 需 operation="get_metabolite",不使用 endpoint 或 method 参数。响应格式可能是标准字典、直接列表或直接字典,访问字段前需用 isinstance() 判断。
适用场景:代谢物注释与通路分析、研究检索与数据获取、跨数据库代谢组学查询、综合研究报告生成。
限制:HMDB 可能缺少部分代谢物,此时回退 PubChem;部分研究需认证或未公开;报告中代谢物列表自动限制为前 10 个,超过 20 个建议分批;API 速率限制可能影响大规模查询;缺失 API 密钥时部分工具不可用。具体代码示例、MCP 集成步骤与教程见 QUICK_START.md,此处暂未提供。