用途
该技能用于临床基因组学中的结构变异（Structural Variant, SV）解读，对缺失（DEL）、重复（DUP）、倒位（INV）、易位（TRA）和复杂重排（CPX）进行系统分析，并采用 ACMG 适配标准给出分类。
SV 解读的难点在于：其分子后果复杂，可能造成基因剂量变化、基因破坏、基因融合或位置效应；致病性取决于片段大小、基因含量与断点精度；相较 SNV，ClinVar 中经整理的结构变异更少；单倍剂量不足与三倍剂量敏感性具有基因特异性；人群中存在大量良性的大片段 CNV，使致病与良性的区分较为困难。
该技能将这些维度整合为可操作的临床解读流程。
关键原则
- 报告优先：先创建 SV_analysis_report.md，再逐步填充内容。
- ACMG 风格分类：致病、可能致病、VUS、可能良性、良性，并附明确证据。
- 证据分级：所有发现按置信水平标注（★★★ / ★★☆ / ★☆☆）。
- 剂量敏感性关键：基因剂量效应决定 SV 的致病性。
- 断点精度重要：需区分精确的基因破坏与仅剂量效应。
- 人群背景必要：使用 gnomAD SV 进行频率评估。
- 查询以英文为主：工具调用始终使用英文术语（基因名、疾病名），即使用户使用其他语言；仅在必要时回退到原语言术语；回复使用用户语言。
使用方式
技能以分阶段工作流组织。
阶段 1：SV 身份与分类。 统一坐标（hg19/hg38），确定 SV 类型（DEL/DUP/INV/TRA/CPX），计算大小，评估断点精度。需记录：涉及染色体、起止坐标、大小（bp 或 Mb）、类型、断点精度（如 ±50bp、±1kb）、遗传模式（de novo、遗传、未知）。示例：arr[GRCh38] 17q21.31(44039927-44352659)x1，类型为杂合缺失，大小 313 kb，完全包含 MAPT、KANSL1，断点明确（芯片分辨率 ±5kb）。
阶段 2：基因含量分析。 使用 Ensembl_lookup_gene、NCBI_gene_search、Gene_Ontology_get_term_info、OMIM_search / OMIM_get_entry、DisGeNET_search_gene 等工具，区分：完全包含的基因（缺失导致单倍剂量不足，重复导致三倍剂量敏感）、部分被破坏的基因（断点位于基因内，受影响等位基因可能功能丧失，需检查关键结构域是否破坏）、侧翼基因（距断点 1 Mb 内，可能受位置效应或调控破坏影响）。报告中按三个小节列出表格，并给出解读。
阶段 3：剂量敏感性评估。 使用 ClinGen_search_dosage_sensitivity（HI/TS 评分 0–3）、ClinGen_search_gene_validity（Definitive/Strong/Moderate）、gnomAD pLI、DECIPHER、OMIM 遗传模式。ClinGen 评分 3 表示有充分证据、2 表示新出现证据、1 表示证据不足、0 表示无证据。pLI ≥0.9 为极度不耐受、0.5–0.9 为中等、<0.5 为耐受。证据分级：HI 或 TS 评分为 3 且 validity 为 Definitive 记为 ★★★；评分在 2–3 之间记为 ★★☆；否则记为 ★☆☆。
阶段 4：人群频率背景。 使用 gnomAD SV、DGV、ClinVar，并计算与人群 SV 的相互重叠比例。
阶段 5：致病性评分。 采用 0–10 量表：基因含量权重 40%、剂量敏感性权重 30%、人群频率权重 20%、遗传/表型匹配权重 10%；随后套用 ACMG SV 标准并给出分类建议。
阶段 6：文献与临床证据。 检索 PubMed 中相似 SV 与基因破坏研究、DECIPHER 发育障碍病例、临床病例报告，以及基因剂量效应的功能证据。
阶段 7：ACMG 适配分类。 套用 SV 专用证据代码，计算最终分类，识别限制因素，生成临床建议。
适用场景
当用户询问结构变异解读、拥有芯片或测序得到的 CNV 数据、询问某缺失或重复是否致病、需要 SV 的 ACMG 分类、希望评估基因剂量效应、询问染色体结构重排，或拥有需要解读的大规模基因组改变时，可启用该技能。
限制
资料未提供该技能的具体运行平台、依赖环境、支持的输入格式规范、价格与授权方式、性能或准确度指标，以及除上述工具调用外的其他限制，均暂未提供。示例中的代码为伪代码，实际实现取决于可用工具。