pride-database
pride-database 技能用于通过 PRIDE Archive v3 REST API 检索蛋白质组学数据集，支持关键词与分面筛选、项目详情、文件清单、SDRF 映射及 UniProt 蛋白出现查询，无需认证。
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更新于 10-22 00:14
数据与分析
16,774 个结果
pyhealth
PyHealth 是面向电子健康记录（EHR）机器学习的 Python 库，提供数据加载、医疗编码处理、患者级数据集构建、模型训练与评估的端到端流水线，原生支持 MIMIC-III/IV、eICU-CRD 与 OMOP-CDM，可用于死亡率、再入院、住院时长等临床预测任务。
unichem-database
UniChem 是 EMBL-EBI 提供的化合物结构交叉引用服务，通过 InChI 标识符把同一化学实体映射到 ChEMBL、DrugBank、PubChem、ChEBI、PDB、SureChEMBL、HMDB、DrugCentral、BindingDB 等 20 多个数据库的对应 ID，免费 REST API，无需密钥。
zinc-database
ZINC22 虚拟化合物库（CartBlanche API）查询技能：按 ZINC ID 获取 SMILES、计算属性与供应商可购性，或将 SMILES 异步解析为 ZINC 标识符，用于虚拟筛选与对接前的化合物核查。
pomodoro
一个番茄钟计时器技能，提供25分钟专注计时，并将每次会话保存到本地 SQLite 数据库，用于历史追踪、生产力统计与模式识别。通过命令行启动、查看状态、回顾历史和分析完成率。
china-deal-screening
面向A股投资标的的系统化筛选技能，适配中国市场数据源与A股筛选标准，覆盖市值、估值、成长、盈利、财务健康、流动性、治理等维度，并支持评分排序与尽调队列生成。
check-country-risk
通过 WorldMonitor API 按 ISO 3166-1 alpha-2 国家代码获取综合国家风险情报，包括国家不稳定指数（CII）压力评分、旅行警示级别和当前制裁暴露情况。需使用 X-WorldMonitor-Key 请求头进行服务端认证。
jq
jq 是命令行 JSON 处理工具，用于过滤、转换、聚合和重塑来自文件、API 与命令输出的数据。资料还给出工具选型建议、常用惯用法、流式处理与错误诊断要点。
aeon
Aeon 是一个与 scikit-learn 兼容的 Python 时间序列机器学习工具包，提供分类、回归、聚类、预测、异常检测、分割和相似性搜索等任务的先进算法。该技能适用于对时间序列数据进行分类或预测、检测异常或变化点、聚类相似模式、预测未来值、查找重复模式（motif）或异常子序列（discord）、使用专门距离度量比较时间序列以及从时序数据中提取特征。安装命令为 uv pip install aeon。
alphafold-database
访问 AlphaFold 数据库中 2 亿多个 AI 预测蛋白质结构，可按 UniProt ID 检索、下载 PDB/mmCIF 文件、分析 pLDDT 与 PAE 置信度指标，并通过 Google Cloud 批量获取蛋白质组数据。
anndata
AnnData 是用于处理带注释数据矩阵的 Python 包，将测量数据 X 与观测元数据 obs、变量元数据 var 及多维注释（obsm、varm、obsp、varp、uns）一起存储，最初面向单细胞基因组学，现为通用注释数据框架。
bindingdb-database
BindingDB 数据库查询技能，用于检索药物-靶点结合亲和力数据（Ki、Kd、IC50、EC50）。可按 UniProt 靶点、化合物名称/SMILES 或病原体查询，支持 REST API 与 TSV 下载分析，适用于药物发现、SAR 分析与机器学习数据集准备。
brenda-database
BRENDA Database 是一个通过 SOAP API 访问 BRENDA 酶数据库的技能，用于检索酶动力学参数（Km、kcat、Vmax）、反应方程式、生物体数据、底物特异性、最适条件、抑制剂与激活剂等信息。BRENDA 是综合性酶信息系统，收录超过 45,000 种酶及数百万条动力学数据点，适用于生化研究、代谢工程和酶发现。该技能提供 Python 客户端与辅助脚本，支持按 EC 编号、生物体、底物等条件查询，并包含数据解析、可视化、通路构建等功能。使用前需安装 zeep、requests、pandas、matplotlib、seaborn，并配置 BRENDA 账号凭据。
cellxgene-census
CELLxGENE Census 技能用于以编程方式查询 CZ CELLxGENE Discover 标准化单细胞基因组数据，覆盖人类与小鼠 6100 万以上细胞，可按细胞类型、组织、疾病等条件筛选表达矩阵与元数据，并支持 scanpy、PyTorch 等分析流程。
chembl-database
ChEMBL 是由 EBI 维护的生物活性分子数据库技能，可通过 Python 客户端查询化合物、靶点、生物活性（IC50、Ki 等）、药物信息及结构相似性/子结构，用于药物发现与化学信息学研究。
clinicaltrials-database
ClinicalTrials.gov 数据库技能，通过 ClinicalTrials.gov API v2 查询全球临床试验注册信息。可按疾病/状况、药物/干预措施、地点、招募状态、试验阶段、申办方等条件检索试验，按 NCT ID 获取试验详情，支持分页批量获取与 CSV 导出。API 为公开接口，无需认证，速率限制约每分钟 50 次请求，支持 JSON 与 CSV 格式。适用于患者匹配、研究分析、药物研发追踪、地理检索、机构追踪、数据导出、试验监测与入组资格筛查等场景。
clinpgx-database
ClinPGx 数据库技能用于访问临床药物基因组学数据（PharmGKB 的继任者），可查询基因-药物相互作用、CPIC 指南、等位基因功能、药物标签与临床注释，服务于精准医学与个体化用药。该技能通过 ClinPGx REST API 提供程序化访问，基础使用无需认证，速率限制为每秒最多 2 次请求，数据采用 CC BY-SA 4.0 许可。
clinvar-database
ClinVar Database 是一个用于查询 NCBI ClinVar 数据库的技能，帮助用户检索人类遗传变异与表型之间的关系及临床意义。它支持按基因、位置、疾病或临床意义搜索变异，解读致病性分类（如致病、良性、意义未明 VUS），并通过 E-utilities API 或 FTP 批量获取数据。该技能还涵盖审查状态与星级评定、冲突解读处理、变异注释以及数据提交等内容，适用于临床遗传学研究和变异解读工作。
cosmic-database
COSMIC Database 是一个用于访问 COSMIC（Catalogue of Somatic Mutations in Cancer，癌症体细胞突变目录）癌症突变数据库的技能。COSMIC 是探索人类癌症体细胞突变的最大、最全面的数据库，收录了数千种癌症类型中的数百万个突变、经过专家整理的癌症基因列表、突变特征以及临床注释。该技能支持以编程方式下载和查询癌症突变数据，包括体细胞突变、Cancer Gene Census、突变特征、基因融合、结构变异、拷贝数变异、耐药突变和癌症细胞系基因组数据。使用前需要注册账号：学术用户可在 https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/register 免费注册，商业用户需通过 QIAGEN 获取许可。Python 依赖通过 uv pip install requests pandas 安装。该技能提供 scripts/download_cosmic.py 脚本，支持命令行和函数调用两种方式下载数据，数据支持 GRCh38 和 GRCh37 两种参考基因组，文件格式包括 TSV/CSV（gzip 压缩）和 VCF。适用于癌症研究、精准医学、生物信息学流程集成等场景。
dask
Dask 是用于并行与分布式计算的 Python 库，可让 pandas/NumPy 工作流突破内存限制，支持单机超内存执行、多核并行以及跨机器处理 TB 级数据，从笔记本到集群均可扩展，同时保持熟悉的 Python API。
datacommons-client
Data Commons Client 是一个用于访问 Data Commons 平台的 Python 客户端技能。Data Commons 将来自各国人口普查机构、卫生组织、环境机构等权威来源的公共统计数据聚合为统一的知识图谱。该技能提供对 Data Commons Python API v2 的完整访问能力，支持查询统计观测值、探索知识图谱以及解析实体标识符。安装方式为 uv pip install "datacommons-client[Pandas]"（含 Pandas 支持）或 uv pip install datacommons-client（基础版）。API 包含三个主要端点：Observation 端点用于查询时间序列统计数据，如人口、经济、健康或环境统计；Node 端点用于探索知识图谱中的实体关系与属性；Resolve 端点用于将实体名称、坐标或外部 ID 转换为 Data Commons ID（DCID）。适用于人口统计、经济指标、健康数据、环境统计等公共数据的查询与分析场景。
datamol
datamol 是 RDKit 的 Pythonic 封装库，提供简洁接口与合理默认值，适用于标准药物发现流程，如 SMILES 解析、分子标准化、描述符与指纹计算、聚类、骨架分析、3D 构象生成及文件读写等。
drugbank-database
DrugBank Database 是一个用于访问和分析 DrugBank 综合药物数据库的技能，涵盖约 9,591 条药物条目（含 2,037 个 FDA 批准的小分子、241 个生物技术药物、96 个营养保健品及 6,000 多个实验化合物），每条目含 200 多个数据字段。该技能通过 Python 提供数据下载与认证、药物信息查询、药物相互作用分析、药物靶点与通路分析、化学性质与相似性计算等能力，适用于药物发现、多重用药安全分析、药物重定位研究及药理学研究等场景。
ena-database
ENA Database 技能用于通过 REST API 与 FTP 访问欧洲核苷酸档案库（European Nucleotide Archive，ENA），检索 DNA/RNA 序列、原始测序读段（FASTQ）、基因组组装及功能注释等数据，适用于基因组学与生物信息学流程。该技能覆盖 ENA 的层级化数据类型（研究/项目、样本、实验、运行、组装、序列、分析、分类记录），提供 Portal API、Browser API、分类学 REST API、交叉引用服务与 CRAM 参考序列注册表等程序化访问方式，并支持 XML、JSON、TSV/CSV、FASTQ、BAM/CRAM、FASTA、EMBL 等多种格式。所有 API 限速为每秒 50 次请求，超出将返回 HTTP 429。技能还包含批量下载（FTP、Aspera、enaBrowserTools）与 BLAST 集成等实践建议，并附带 API 参考文档。