SuperAPI AI 工具集

zinc-database

数据与分析

查看项目

更新于 10-15 22:40

技能介绍

用途:查询 ZINC22(CartBlanche,cartblanche22.docking.org)虚拟化合物库,按 ZINC ID 取回化合物记录,或将 SMILES 解析为 ZINC 标识符并核查可购性,用于对接筛选前的候选化合物准备。

主要能力:GET /substance/{zinc_id}.json 同步返回 SMILES、分子式、环数、杂原子数、tranche_details(mwt、logp、heavy_atoms、inchi、inchikey)及 catalogs 供应商条目(purchase、supplier_code、price 等);POST /smiles.json 提交 SMILES 后返回 task UUID,再轮询 GET /search/result/{task} 获取结果,dist=0、adist=0 为精确匹配,较快可靠。

使用方式:pip install requests pandas,本地属性过滤另需 pip install rdkit。无需 API key。SMILES 查询为异步,需轮询任务端点,建议间隔数秒并设置超时。ZINC22 无服务端 MW/logP 属性范围查询,需先取回候选再用 RDKit 本地过滤;tranche 批量下载为交互式流程。

适用场景:已知 ZINC ID 查属性与供应商;SMILES 精确解析为 ZINC22 ID;命中化合物可购性核查;组装 SMILES/ZINC ID 集合供对接使用。

限制:旧 ZINC15 REST API 已被 CAPTCHA 拦截,脚本访问会失败,应改用 CartBlanche。dist≥1 的类似物搜索在公共服务器上缓慢且常超时,Smallworld 相似性搜索仅限网站交互流程,不宜依赖其构建自动化管线。结果可能因同一结构对应多个 ZINC ID 而重复,建议按规范化 SMILES 去重。其余细节资料未提供。