SuperAPI AI 工具集

unichem-database

数据与分析

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更新于 10-15 22:40

技能介绍

用途:UniChem 是 EMBL-EBI 的化学结构交叉引用服务,用基于 InChI 的标识符把同一化合物记录关联到 20 多个公共化学数据库,适合跨库 ID 翻译、InChIKey 解析、结构相关化合物查找、合并多库数据前验证化合物身份,以及构建药物发现项目的交叉引用表。它只提供 ID 交叉引用,不提供 IC50、Ki 等实验数据;属性预测或子结构检索应使用其他工具。

主要能力:按标准 InChIKey 查询所有来源;按来源库 ID(如 CHEMBL25)反查全部交叉引用;连接性搜索(connectivity)查找骨架相同但立体化学、盐型、同位素或质子化不同的相关化合物;列出全部数据源。

使用方式:API 基址为 https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/v1/,无需 API key。除 GET /sources 外,交叉引用查询均为 POST 并携带 JSON body。按 InChIKey 查询用 POST /compounds,body 为 {"type": "inchikey", "compound": KEY};按来源 ID 查询用 {"type": "sourceID", "compound": ID, "sourceID": 1};连接性搜索用 POST /connectivity,需传完整 27 字符标准 InChIKey,14 字符片段会返回 404。响应中 compounds[0].sources 的每条记录含 id(来源库编号)与 compoundId(该库中的 ID)。依赖 Python 包 requests、pandas、matplotlib,可执行 pip install requests pandas matplotlib。

限制:/compounds 每次只接受单个化合物,不支持列表批量,提交列表会返回 400 illegal_argument_exception;批量需循环并加 time.sleep(0.1) 以遵守约 10 请求/秒的速率限制,无每日配额。需要联网。来源库编号可用 GET /sources 核对。