用途:ChEMBL 是欧洲生物信息研究所(EBI)人工整理的生物活性分子数据库,包含超 200 万化合物、1900 万条生物活性测量、13000+ 药物靶点及已批准药物和临床候选物数据。本技能用于以编程方式查询这些数据,服务于药物发现与药物化学研究。
主要能力:化合物查询(按名称、结构或性质检索);靶点信息(蛋白、酶等生物靶点);生物活性数据(IC50、Ki、EC50 等);药物信息(已批准药物、作用机制、适应症);结构搜索(相似性与子结构);化学信息学分析(分子性质与类药性);靶点-配体关系探索。
使用方式:需安装 Python 客户端:uv pip install chembl_webresource_client。通过 from chembl_webresource_client.new_client import new_client 访问 molecule、target、activity、drug 等端点。支持 Django 风格过滤运算符(__exact、__icontains、__lte、__range、__in、__isnull 等)。结果可转为 pandas DataFrame 分析。客户端默认缓存 24 小时,查询为惰性求值,需转 list 强制执行,结果自动分页。
适用场景:查找靶点抑制剂、分析已知药物、构效关系(SAR)研究、激酶抑制剂筛选、药物重定位探索、虚拟筛选等。
限制:数据虽人工整理但可能存在不一致,需检查 data_validity_comment 与 potential_duplicate 标记;生物活性值使用标准单位(nM、uM 等),pchembl_value 为归一化活性;需遵守 ChEMBL 公平使用政策,避免高频请求,大数据集建议批量下载;结构格式以 SMILES 为主,也提供 InChI key 与 SVG 图像。具体收费、价格与平台信息暂未提供。