用途:通过 cellxgene-census API 程序化访问 CZ CELLxGENE Census,按细胞类型、组织、疾病、供体等条件查询单细胞表达数据与标准化元数据,用于跨数据集分析、统计计算和机器学习训练。
主要能力:访问 6100 万以上人类与小鼠细胞;提供标准化元数据(细胞类型、组织、疾病、供体等)、原始基因表达矩阵、预计算嵌入与统计;支持 get_obs、get_var、get_anndata 查询,支持 out-of-core 的 axis_query 迭代处理,并提供 PyTorch 实验性数据加载器与 scanpy 集成。
使用方式:安装 uv pip install cellxgene-census,机器学习流程可安装 uv pip install cellxgene-census[experimental]。用 with cellxgene_census.open_soma() as census 打开,建议指定 census_version 以保证可复现。小规模查询用 get_anndata,大规模用 axis_query 分批处理。查询时通常应加 is_primary_data == True,避免重复计数;可用 obs_value_filter 与 var_value_filter 过滤,并用 obs_column_names 只取所需列。
适用场景:探索组织中的细胞类型、查询标记基因表达、训练细胞类型分类器、跨组织分析、与 scanpy 工作流结合。
限制:资料未提供收费、价格、平台支持范围与性能指标;大规模查询需注意内存,必要时改用 out-of-core 处理;基因名区分大小写,部分基因可能在构建时被过滤。