SuperAPI AI 工具集

Skill 广场

找到适合任务的 Agent Skill,阅读介绍并复制安装命令。

更新于 11-03 00:11

智能体与模型

25,517 个结果

peft-fine-tuning

PEFT(参数高效微调)是一套用于大语言模型的微调方案,通过 LoRA、QLoRA 等 25 种以上适配器方法,只训练不到 1% 的参数即可完成微调。它适合在消费级 GPU(如 RTX 4090、A100)上微调 7B-70B 模型,生成的适配器文件仅约 6MB,而完整模型可达 14GB。当显存是主要瓶颈时,可用 QLoRA(PEFT + 量化)在单张 24GB GPU 上微调 70B 模型,代价是相比全量微调约有 5% 的质量损失。若训练小于 1B 的小模型、追求最高质量且有充足算力,或领域差异极大需要更新全部权重,则应改用全量微调。

智能体与模型14 次安装

rfd4-proteina-annotated-cif

该技能用于创建、检查、编辑和验证 RFD4-Proteina 的 annotated CIF 输入,并借助 AtomWorks 进行条件设置(conditioning)。annotated CIF 是在结构基础上附加 AtomWorks StandardAnnotation 列,用来编码 RFProteína 设计问题。推荐直接通过 Python 操作 AtomArrayPlus:解析、派生选择注释、设置条件、验证、写出并做往返(round-trip)检查。技能强调对化学组成与设计意图进行可视化检查,尤其是配体、金属、翻译后修饰(PTM)或 PDB 来源结构。技能本身只定义 CIF 编写语义,工作区指令与当前 campaign 决定共享输入归属、输出位置、长度物化、生成与数据库记账;编写 CIF 并不授权运行生成任务或确立 campaign 账本策略。使用前提是具备含 AtomWorks、NumPy、Biotite 和 Python Fire 的 RFD4-Proteina 环境,并能访问对应输入手册与源结构。

智能体与模型14 次安装

rfd4-proteina-autoresearch

RFD4-Proteína Autoresearch 是 NVIDIA BioNeMo Agent Toolkit 中的一项技能,用于在 RFD4-Proteína 蛋白质设计流程中组织“设计→评分→迭代”的自动研究循环。它把生成、搜索、评估等已有技能组合成可复现的波次(wave)与分支(branch)策略:先明确设计问题、复合奖励与冻结/晋升/预算规则,再播种首批分支,运行奖励引导的束搜索,按分支健康度决定冻结、晋升与下一波预算分配,并每次只改动一个参数轴以归因效果。该技能强调显式奖励工程(归一化、门控、负权重)、多样性聚类与停止条件,最终产出可回放的目录(program.md、wave*.json、decisions.md、results.tsv)及设计 CIF 与指标 CSV。其奖励优化的是重折叠置信度等代理指标,并非实验成功,需下游验证;重折叠引导的波次计算密集,需按预算设置 beam_width、n_branch 与波次数。

智能体与模型14 次安装

rfd4-proteina-campaign

RFD4-Proteina 设计活动(campaign)管理技能,用于以可追溯的方式组织蛋白质设计流程。它将活动视为可审查的科学程序,核心产物是一份账本(ledger),把每个设计与其标注 CIF、解析后的配置、运行记录、血缘、指标、oracle 预测以及带版本的通过判定连接起来。技能要求在启动前与用户确认意图、成功标准、唯一性规则、计算预算和调度器选择,并在首次运行前初始化账本,增量摄取设计与 oracle 结果。它强调保留用户指定的分区、账户、QoS/优先级、预留、约束、GPU、内存、CPU 和运行时设置,为每个实体化设计分配稳定 ID,保留所有 oracle 预测与置信度 JSON,使用不可变标准集版本定义通过者,并将中断运行视为可恢复。适用于需要严格溯源和可复现性的 RFD4-Proteina 设计活动。

智能体与模型14 次安装

rfd4-proteina-commitment-curves

RFD4-Proteína Commitment Curves 是 NVIDIA BioNeMo Agent Toolkit 中的一项技能,用于分析蛋白质设计模型在扩散生成过程中何时“下定决心”。它通过将已完成的设计重新加噪到某个重启步,再重新去噪,并计算子代与父代指标的相关性(ρ),从而绘制承诺曲线。重启步越接近末尾,子代越能复现父代(ρ→1);越接近起点,则越无法恢复父代答案。该技能支持部分扩散扫描、父子相关性分析和指标分布统计,帮助用户判断可以多早开始筛选设计。使用前需准备模型运行时、pandas、NumPy、SciPy、Matplotlib、PyYAML 和 Python Fire。所有命令从仓库根目录运行,参数采用 Hydra key=value 格式。技能包含生成配置、指标分布绘图、承诺曲线绘制等脚本,并强调父代数量应不少于 40 以保证 ρ 的精度。

智能体与模型14 次安装

rfd4-proteina-evaluate

RFD4-Proteína Evaluate 是 NVIDIA BioNeMo 智能体工具包中用于对已生成蛋白质设计结构进行离线评估的技能。它通过 evaluate.py 对磁盘上已有的 CIF 结构文件打分,无需重新运行生成流程,并与生成阶段共享同一套指标栈和 Hydra 配置,因此 metrics_tags 和自定义指标配置在在线与离线场景下行为一致。主要能力包括:按设计任务选择正确的指标标签、将并行作业产生的逐样本 CSV 聚合为统一表格、通过 FoldSeek 进行多样性聚类,以及在不修改受版本控制文件的前提下添加自定义指标。使用方式为在仓库根目录以 Hydra 的 key=value 形式传参,指定结构目录、指标标签和输出目录,再运行聚合命令合并结果。需要注意:重折叠类指标依赖 AF3 容器,未配置容器时相关指标会静默不运行;聚类需要设置 FOLDSEEK_EXEC;out_dir 为必填项。

智能体与模型14 次安装

rfd4-proteina-generate

RFD4-Proteína Generate 是 NVIDIA BioNeMo Agent Toolkit 中的单次生成技能,用于从带注释的输入生成 RFD4-Proteína 设计。它通过一个入口点驱动多种设计任务,包括无条件单体/复合物、折叠与逆折叠、基序支架、酶设计、小分子结合剂、蛋白质结合剂和 DNA 结合剂。该技能负责将请求路由到正确的示例输入和覆盖参数,然后运行一条命令。深度输入构建、奖励引导搜索和 oracle 指标由同级技能处理。所有模型参数使用 Hydra 的 key=value 形式,需从仓库根目录运行。使用前需通过环境预检,确认虚拟环境、GPU 和检查点。主要参数包括 out_dir、num_replicates、batch_size 和 metrics_tags,还支持多样性温度、部分扩散、确定性采样、步数/回收等覆盖选项。输出为带逐原子来源列的注释 CIF,可选生成 per_example_metrics.csv。

智能体与模型14 次安装

rfd4-proteina-nim

RFD4-Proteina NIM 是 NVIDIA 发布的蛋白质结构与序列生成模型技能,用于联合设计蛋白质结构与序列,支持条件生成与奖励引导搜索。该技能可通过 NVIDIA 托管 API 或用户自建的本地 NIM 服务调用,覆盖条件化蛋白质与小分子结合体设计、基序与酶骨架搭建、抗体/CDR 设计、部分扩散、逆折叠以及奖励引导的束搜索等任务。使用需 Python 3.10 或更高版本,客户端仅依赖标准库;托管推理需要从产品页面获取密钥并设置为 NVIDIA_API_KEY(NGC_API_KEY 可作为回退)。技能提供 scripts/design.py 脚本,支持预检(--dry-run)、提交请求或离线提取已保存响应,输出包含请求、传输信息、响应、设计结构文件、序列及汇总指标。生成结果属于未经实验验证的设计候选,不应直接称为已验证结合体或声称亲和力、折叠成功或实验活性。

智能体与模型14 次安装

rfd4-proteina-search

RFD4-Proteína 奖励引导搜索(Reward-Guided Search)是 NVIDIA BioNeMo Agent Toolkit 中的一项技能,用于在蛋白质生成过程中通过奖励模型引导束搜索(beam search)。它探索多条生成轨迹,在指定的积分步检查点对候选结构进行分支和剪枝,并用奖励模型对存活候选打分,保留得分最高的结果。搜索通过 generate.py 入口运行,由 inference_experiment 配置中的 search 块选择。支持 AF2、AF3、OpenFold3 等重折叠预言机作为奖励来源,也支持无需重折叠的奖励(如链间相互作用、界面氢键)。需要先完成 rfd4-proteina-setup 并具备 CUDA GPU。

智能体与模型14 次安装

rfd4-proteina-setup

RFD4-Proteína Setup 是一个用于安装和排查 RFD4-Proteína 模型运行时的技能。它指导用户完成模型运行环境与已发布检查点对的安装,并通过预检和生成一个单体结构来验证就绪状态。该技能适用于原生模型安装与故障排查,不适用于已运行的 NIM 部署流程。技能目录仅包含说明和辅助脚本,不包含模型源码;安装技能并不意味着模型或 GPU 已就绪。使用前需要模型检出、其文档规定的主机/GPU 平台,以及用于环境和检查点的存储空间。

智能体与模型14 次安装