用途
RFD4-Proteina 设计活动(campaign)管理技能。该技能把一次设计活动视为可审查的科学程序,而不是一堆输出目录的集合。其持久产物是一份账本(ledger),将每个设计连接到产生它的确切标注 CIF、解析后的配置、运行、血缘、指标、oracle 预测以及带版本的通过判定(passer decision)。
主要能力
- 在启动工作前,就意图、成功标准、唯一性、计算预算和调度器选择对用户进行访谈。
- 在首次运行前初始化活动账本;在提交前登记输入、解析后的配置和计划运行;增量摄取设计与 oracle 结果。
- 保留用户选择的每个分区、账户、QoS/优先级、预留、约束、GPU、内存、CPU 和运行时设置;在提交前说明解析后的值,绝不替换为竞争性指令。
- 为每个实体化设计分配稳定 ID;绝不通过匹配文件名片段来恢复输入、配置或父系关系。
- 保留所有 oracle 预测和可用的置信度 JSON,包括 on-target、off-target、checkpoint 和失败的评估;指标链接到产生它的确切设计或预测。
- 使用不可变的标准集版本定义通过者;存储实际指标值和证据;更改阈值会创建新的评估,而不是覆盖历史。
- 将中断的运行视为可恢复:摄取已完成输出,明确记录缺失或失败的工作,并在重试前将文件系统与账本对账。
使用方式
前置条件:账本需要 Python 3.12,一个可写的活动目录,以及用于模型运行的 setup/generation/evaluation 技能。模型命令、配置和上游手册使用用户在 RFPROTEINA_ROOT 选择的模型检出;本目录包含技能,而非该检出。在辅助示例中,当目录与模型检出分离时,将 open-models-skills/rfd4-proteina/<name>/... 解析为其绝对安装路径。
输入:必需——用户的活动位置、目标、标准、唯一性规则、预算和调度器选择;可选——用于恢复的现有账本。复用已确定的选项,仅询问影响活动的缺失值。
指令流程:
- 意图与设置——完成 rfd4-proteina-setup,访谈用户,并初始化账本。
- 输入——使用 rfd4-proteina-annotated-cif 创建并验证每个标注 CIF;将每个条件变体归档为独立输入。
- 标准——就门控指标、确切运算符和阈值、缺失值策略以及唯一性定义达成一致。
- 试点——运行一次小型端到端生成与评估,包括账本摄取和对账路径。
- 基线——使用 rfd4-proteina-generate 建立 best-of-N 通过率、多样性和 GPU 小时效率。
- 探索——当奖励时机重要时使用 rfd4-proteina-commitment-curves,使用 rfd4-proteina-autoresearch 进行基于波次的搜索实验。
- 扩展与增殖——扩展选定的输入/配置对,然后在证据支持处使用部分扩散;保留父子血缘。
- 评估与交付——使用 rfd4-proteina-evaluate,在指定标准版本下重新计算通过者,并调用 rfd4-proteina-package 生成可分享的 TAR。
参考文档:选择基线、实验、扩展或部分扩散时阅读 references/campaign-strategy.md;规划或运行活动前阅读 references/lifecycle.md;创建或摄取记录前阅读 references/campaign-ledger.md;定义过滤器、唯一性或重折叠时阅读 references/passers-and-oracles.md;任何真实启动或恢复前阅读 references/execution-and-recovery.md。
示例:确定性辅助脚本创建可移植的 SQLite 账本和内容寻址工件存储:
python open-models-skills/rfd4-proteina/rfd4-proteina-campaign/scripts/campaign_ledger.py --help
集群工作进程在其运行目录下写入不可变 JSONL 事件;单个协调器将这些事件导入 SQLite;工作进程不并发写入共享数据库。CSV/Markdown 报告是导出,绝不是事实来源。
输出格式:活动交接报告标准集版本、已评估设计数、通过者和唯一通过者、未解决的失败或缺失指标、已用计算量,以及账本和交付 TAR 的确切位置。交付的设计必须可追溯到其标注 CIF、解析后的配置、输出 CIF、oracle 预测、实际指标值和通过者证据。
适用场景
适用于需要严格溯源和可复现性的 RFD4-Proteina 蛋白质设计活动,尤其是涉及多轮生成、评估、oracle 预测、通过判定和集群调度的场景。
限制
账本记录溯源和已测量的标准;它不建立实验结合或活性。缺失指标保持显式,不能计为通过者的证据。
故障排除
对于中断的作业,先摄取已完成事件并在重试前对账。对于缺失的工件或标准证据,检查记录的 ID 和源路径;不要从文件名推断血缘。
可用脚本
scripts/campaign_ledger.py:创建、摄取、对账和查询账本。参数:子命令;--help 列出其必需参数。