用途
该技能面向 RFD4-Proteina 的 annotated CIF 编写。annotated CIF 由结构加上 AtomWorks StandardAnnotation 列组成，这些列编码了 RFProteína 的设计问题。技能建议优先采用直接 Python 操作 AtomArrayPlus 的方式：解析、派生选择注释、设置条件、验证、写出，并进行往返（round-trip）检查。同时要求对化学组成与设计意图进行可视化检查，尤其是涉及配体、金属、PTM 或 PDB 来源结构时。
该技能只定义 CIF 编写语义。工作区指令与当前 campaign 负责共享输入归属、输出位置、长度物化、生成以及数据库记账。编写 CIF 本身并不授权运行生成任务，也不确立 campaign 账本策略。
前提条件
需要具备 RFD4-Proteina 环境，其中包含 AtomWorks、NumPy、Biotite 和 Python Fire；并能访问匹配的输入手册与源结构。
模型命令、配置和上游手册应使用位于 RFPROTEINA_ROOT 的用户所选模型检出（checkout）。本目录包含的是技能，而非该检出。在辅助示例中，当目录与模型检出分离时，需将 open-models-skills/rfd4-proteina/<name>/... 解析为其绝对安装路径。
输入
必需：用户请求的操作、源结构路径/来源，以及编写后 CIF 的目标位置。可选：当装配体（assembly）、链（chains）和条件选择已经明确时，可提供这些信息。应复用已确立的意图；对任何会改变设计问题的歧义予以澄清。
使用方式
- 检查源结构、现有条件、请求的装配体与设计意图。仅就改变设计问题的歧义进行询问。
- 阅读 python-authoring.md，了解注册表导入、解析器选择、条件编辑、可扩展片段（expandable segments）以及数组合并。
- 当需要将结构意图转换为原子掩码，或检查已安装的注释支持时，阅读 annotators-and-selections.md。
- 使用规范条件参考与交互规则，了解条件层级、取值与模型支持。不要仅凭注释能否往返成功来推断支持情况。
- 完成 validation.md，包括化学与索引审查、保存前检查，以及保存/重载比较。
- 对于已保存的 CIF，使用
bash open-models-skills/rfd4-proteina/rfd4-proteina-annotated-cif/scripts/inspect_cif.sh <file.cif>清点其结构、化学、可扩展片段与条件。使用bash open-models-skills/rfd4-proteina/rfd4-proteina-annotated-cif/scripts/check_annotated_cif.sh <file.cif>进行流水线验证与化学检查。两个辅助脚本均为只读；选项与限制见验证参考。
输出标准
返回任务所需的 annotated CIF 产物，标明源模板与任何采样得到的子代。报告输入来源与解析预设、选择与条件计数、片段与化学编辑、验证结果，以及任何未解决的科学歧义。
适用场景
适用于创建、检查、编辑或验证 RFD4-Proteina annotated CIF 输入，以及使用 AtomWorks 进行条件设置。
限制
成功解析与往返检查并不能确立生物学正确性。流水线验证只采样一种可扩展片段实现，而非所有可能长度。
故障排查
若导入或注释不可用，检查所选环境与已安装注册表。若验证或往返比较失败，保留源文件并报告具体的条件或化学不匹配。
示例
在不修改的情况下检查并验证已保存输入：
bash open-models-skills/rfd4-proteina/rfd4-proteina-annotated-cif/scripts/inspect_cif.sh input.cif
bash open-models-skills/rfd4-proteina/rfd4-proteina-annotated-cif/scripts/check_annotated_cif.sh input.cif --strict
编写时，遵循 Python 配方与保存/往返检查。
可用脚本
| 脚本 | 用途 | 参数 |
|---|---|---|
| scripts/inspect_cif.sh | 只读的结构与条件清点 | CIF 路径 |
| scripts/check_annotated_cif.sh | 验证条件与化学 | CIF 路径；--strict、--quiet、--skip_pipeline |