RFD4-Proteína Generate 是 NVIDIA BioNeMo Agent Toolkit 提供的一个单次生成技能，用于从带注释的输入生成 RFD4-Proteína 设计。它的核心作用是为多种设计任务提供统一入口，并将请求路由到正确的示例输入和覆盖参数，然后执行一条生成命令。
用途 该技能覆盖多种设计任务：无条件单体/复合物、折叠与逆折叠、基序支架、酶设计（活性位点）、小分子结合剂、蛋白质结合剂和 DNA 结合剂。深度输入构建、奖励引导搜索和 oracle 指标由同级技能负责，本技能仅指向它们。
主要能力
- 单次生成：通过一个入口点驱动所有设计任务。
- 任务路由：根据设计案例选择对应的参考文档、示例输入和任务特定覆盖参数。
- 参数控制：支持设置输出目录、设计数量、批大小、随机种子、采样覆盖和指标标签。
- 多样性控制：通过骨干温度和侧链/序列温度调节随机性。
- 部分扩散：可对现有结构进行细化，支持简单和高级参数。
- 确定性采样：支持 ODE 模式，无轨迹中间噪声。
- 步数/回收：默认 1x 调度使用 60 次模型评估和 185 次主干传递，可选 1.5x 回收深度变体。
- 内联指标：可在每次设计后计算指标，结果写入 per_example_metrics.csv。
使用方式 所有命令需从仓库根目录（包含 .project-root 的目录）运行。模型参数使用 Hydra 的 key=value 形式，而非 --key value。
前置条件：通过 setup 预检的模型环境、支持的 GPU、检查点，以及经过验证的注释输入或基准示例。使用用户选择的模型检出路径 RFPROTEINA_ROOT 进行模型命令、配置和上游手册。
步骤：
- 预检：运行 bash open-models-skills/rfd4-proteina/rfd4-proteina-setup/scripts/preflight.sh，确认虚拟环境、GPU 和检查点。修复所有 FAIL 后再生成。
- 路由任务：根据设计任务选择对应的示例输入和参考文档。
- 运行：通用命令形式为 rfd4-generate inputs=<file> num_replicates=<N> out_dir=<dir> [overrides...]。常用参数包括 out_dir、num_replicates、batch_size、metrics_tags。
- 选择覆盖参数：参考 references/overrides.md，包括多样性、部分扩散、确定性采样、步数/回收等。
- 内联指标（可选）：通过 metrics_tags='[...]' 计算指标。
适用场景 适用于需要从带注释输入生成 RFD4-Proteína 设计的场景，包括单体、复合物、折叠、逆折叠、基序支架、酶、小分子结合剂、蛋白质结合剂和 DNA 结合剂等设计任务。
限制 生成的 CIF 仅验证推理路径，不代表折叠、结合或实验功能。检查点、可用条件和指标取决于所选模型版本。每个 *_refolding 标签需要 AF3 oracle，依赖 apptainer/docker 容器；普通生成不需要容器。奖励引导/束搜索应使用 rfd4-proteina-search。