pymol-mcp
AI开发平台pymol-mcp 是一个将 PyMOL 以无界面(headless)方式嵌入为 MCP 服务器的开源项目,让大语言模型能够直接驱动分子可视化。它无需 GUI、无需 socket 插件、无需手动设置,内置 30 多个带类型的工具,可内联返回渲染图像,支持加载 GROMACS/LAMMPS 分子动力学轨迹,并附带笼形水合物分析工具包(氢键网络、F3/F4 序参数),且经过数值验证。项目以标准 MCP stdio 协议运行,兼容 Claude Code/Desktop、Codex CLI、Gemini CLI、Cline、Continue 等支持 MCP 的客户端。用户用自然语言提出需求,模型调用类型化工具,由无界面 PyMOL 完成渲染。适合计算化学、分子动力学和笼形水合物研究场景。