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更新于 10-27 00:15

数据与分析

17,003 个结果

alphafold2

该技能用于蛋白质结构预测或对 AlphaFold2 风格输出进行一致性核查。适用于研究任务中需要单体/多聚体结构预测、MSA/模板比对的场景。工作流包括:捕获生物学问题、序列标识、FASTA 输入、寡聚状态、物种及预期辅因子或互作对象;在运行前确认执行路径(本地安装、托管端点、Modal/SSH 作业或已记录的公开来源),不假设权重、数据库或 GPU 已存在;将输入、命令或端点负载、模型设置、stdout/stderr 及原始输出保存到 Feynman 工件目录;报告 pLDDT、PAE、排序置信度、链覆盖度、截断、模板/MSA 来源以及不应信任的残基或界面;当结论依赖新颖性、结构域运动、界面几何或突变影响时,与已知结构或 AlphaFold DB 记录比较;输出包含 FASTA、预测 PDB/mmCIF、可用时的置信度文件、简短方法说明及 .provenance.md 附属文件。

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openfold3

本技能用于运行或规划 OpenFold3 风格的结构预测工作流,面向开放蛋白质或复合物预测、环境搭建、模型对比等任务。其核心流程包括:规范化输入(FASTA、链、模板、MSA、配体或伴侣、随机种子、预期输出格式);在运行前验证模型代码、检查点、数据库及 GPU 运行路径;保存输入清单、环境锁定文件、命令、日志、结构输出、置信度文件与运行时元数据;当结果会影响决策时,与 AlphaFold 风格、ESMFold 风格、PDB 或文献证据进行对比;报告可复现性缺口,如缺失数据库、不可用权重、模板失败或特定运行路径的近似处理。该技能强调不呈现缺少版本与输入来源的 OpenFold 系列输出。

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geopandas

GeoPandas 是一个基于 pandas 的 Python 库,用于处理地理空间矢量数据,支持 Shapefile、GeoJSON、GeoPackage 等格式。它结合了 pandas 的数据处理能力和 shapely 的几何操作,提供 GeoSeries 和 GeoDataFrame 两种核心数据结构,可进行坐标参考系管理、几何运算、空间连接、叠加分析、融合以及静态和交互式地图可视化。适用于地理数据分析、空间查询、多源数据整合等场景。

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