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exploratory-data-analysis

数据与分析

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更新于 10-15 20:29

技能介绍

用途:对科学数据文件进行探索性数据分析(EDA),适用于用户提供数据文件路径、要求“探索/分析/汇总”数据、想了解科学数据结构与内容、需要分析前生成完整数据集报告、评估数据质量与完整性,或询问适合某文件的解析类型时。

主要能力:自动检测并分析200+科学文件格式;按格式提取元数据;评估数据质量与完整性;给出统计摘要与分布;提供可视化建议与下游分析建议;生成Markdown报告。

覆盖格式分六类:化学与分子(.pdb、.cif、.mol、.xyz、.gro、.dcd、.xtc 等);生物信息与基因组(.fasta、.fastq、.sam、.bam、.vcf、.bed、.gff、.h5ad 等);显微镜与影像(.tif、.nd2、.lif、.czi、.dcm、.nii、.svs 等);光谱与分析化学(.fid、.mzML、.mgf、.jdx、.spc 等);蛋白质组与代谢组(.mzML、.pepXML、.mzid、.mzTab、.mgf 等);通用科学数据(.npy、.csv、.xlsx、.json、.hdf5、.zarr、.parquet、.mat、.fits、.nc 等)。

使用方式:先按扩展名匹配参考文件确定类别,再读取对应参考条目获取典型数据、典型用途、Python库与EDA方法。可直接运行脚本:python scripts/eda_analyzer.py <filepath> [output.md],脚本会自动检测类型、加载参考信息、执行分析并生成报告;也可按参考信息在对话中自定义分析。报告保存为 {original_filename}_eda_report.md,模板见 assets/report_template.md。

限制:大参考文件应按扩展名检索而非整体载入;大文件需采样、内存映射或分块处理;许多格式依赖专门库(如 biopython、pysam、rdkit、mdanalysis、tifffile、nd2reader、pydicom、nmrglue、pyteomics、pandas、numpy、h5py、scipy),缺失时需自行安装;未收录扩展名需向用户确认格式或做通用分析;不提供具体安装命令与代码细节时以原文为准。