tooluniverse-data-integration-analysis
该技能用于将计算得到的统计结果(如差异表达基因、GWAS 命中位点、关联分析结果)与 ToolUniverse 生物数据库(UniProt、GO、Reactome、ClinVar 等)中的生物学背景进行整合分析。它强调“计算而非描述”,要求通过 Bash 运行 Python(pandas、scipy、statsmodels、matplotlib)实际执行分析与数据处理,并调用 ToolUniverse 工具检索数据。技能引导使用者把显著基因、变异、代谢物、药物或暴露映射到对应的生物学问题,再跨文献、遗传关联、通路、互作网络和临床数据库整合证据,并进行证据分级。流程涵盖因果推理(DAG、三角验证、孟德尔随机化、中介分析)、交叉验证(独立复制、生物学合理性、遗传支持、剂量反应、阴性对照)以及可执行报告输出(证据汇总表、强度评估、知识缺口和后续步骤、临床或公共卫生提示)。适用于在统计分析产生显著结果后追问“这意味着什么”,不适用于执行统计建模本身、纯基因富集、纯文献综述或单变异解读。