用途：从序列或 UniProt 编号出发，完成蛋白质三维结构预测与分析全流程，并在解释前先评估预测质量。
主要能力：
- 序列性质计算（ProtParam_calculate）：分子量、等电点、消光系数、不稳定指数、GRAVY 疏水性、氨基酸组成。
- 从头预测（ESMFold_predict_structure）：仅需序列，返回 PDB 坐标、逐残基 pLDDT 与 pTM；建议序列不超过约 800 个残基。
- AlphaFold 参考模型（alphafold_get_prediction、alphafold_get_summary，可选 alphafold_get_annotations、AlphaFill_get_transplants）：按 UniProt 编号取预计算模型及置信度、功能位点注释和同源移植的配体/辅因子。
- 实验结构比对（RCSBAdvSearch_search_structures、RCSBData_get_entry）：查找 PDB 结构并比较分辨率、方法与覆盖度。
- 变异结构影响（ProtVar_map_variant、ProtVar_get_function）：解析变异位置、结构域、活性/结合位点与致病性预测。
使用方式：先确认或检索序列，再依次做序列性质、ESMFold 预测、AlphaFold 参考、RCSB 比对、变异评估，最后综合报告。查询用英文蛋白名，回答可用用户语言。
质量判读：逐残基 pLDDT >90 极高、70–90 高、50–70 低、<50 极低（可能为内在无序区，不应解读）；pTM >0.8 全局折叠可信，0.5–0.8 中等，<0.5 低。报告须给出两种预测的平均 pLDDT，并标出 pLDDT<50 的残基区间。
可选扩展能力：Boltz 工具用于多链复合物或蛋白-配体预测，属付费异步任务，需 BOLTZ_API_KEY，提交前应先用 Boltz_estimate_structure_binding_cost 估算成本并经用户确认，调用 Boltz_start_structure_binding 需自带 idempotency_key；DTU 工具（dtu_protein_predict）可预测跨膜拓扑与信号肽，需 pip install pybiolib，通常耗时 2–5 分钟。
限制：ESMFold 与标准 AlphaFold 均只预测单链单体；超过约 800 残基的序列 ESMFold 可能失败或质量下降；无 UniProt 编号时跳过 AlphaFold；RCSB 无结果时仅保留预测结论；若 Boltz 的付费、异步特性及价格细节以资料为准，具体价格暂未提供。仅提供 PDB ID 的纯检索任务应改用 tooluniverse-protein-structure-retrieval。