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更新于 11-02 00:09
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scvi-tools 是一个基于 PyTorch 和 PyTorch Lightning 的单细胞基因组学概率模型 Python 框架，使用变分推断提供深度生成模型，用于分析多种单细胞数据模态。它支持单细胞 RNA-seq（降维、批次校正、整合）、scATAC-seq 染色质可及性、多模态数据整合（CITE-seq、multiome、配对/非配对数据集）、空间转录组（去卷积、空间映射）、差异表达分析、细胞类型注释与迁移学习，以及甲基化、流式细胞术、RNA 速率等专门模态，并支持构建自定义概率模型。所有模型遵循统一 API：setup_anndata 注册数据、创建模型、train 训练、提取潜在表示与归一化表达，结果可存回 AnnData 供 scanpy 下游分析。模型要求原始计数数据，支持 GPU 加速和批次校正。
STRING Database 是一个蛋白质-蛋白质相互作用数据库，覆盖 5000 多个物种、5900 万个蛋白质和 200 亿条以上相互作用。该技能通过 REST API 提供查询能力，支持蛋白质相互作用网络检索、功能富集分析（GO、KEGG、Pfam 等）、相互作用伙伴发现、网络可视化、同源性分析以及跨物种比较。技能包含 Python 辅助函数（scripts/string_api.py）和详细参考文档（references/string_reference.md），适用于系统生物学、通路分析和蛋白质组学研究。
这是一套按国家限定知识检索范围的 SharePoint 工作流技能：先把国家当作文档元数据筛选出适用文档，再对这些文档做内容检索与阅读，避免把国家名当关键词搜索或跨国家混用文件。
该技能用于把 PDF 中的表格数据提取并导出为文件，例如可在 Excel 打开的表格或供其他工具使用的工作簿。适合用户要求“提取、导出、转换”PDF 表格为电子表格的场景，不适用于只需在对话中回答的问题。
用于审查 Power BI 或 Analysis Services 语义模型的技能：接收 TMDL 导出、BIM/JSON 模型定义或表/列/关系/度量值清单，按类别报告问题并给出修正后的 DAX。属于静态审查，无法连接实时模型或测量真实查询性能。
将客户或外部 RDF/OWL 文件导入本仓库目录格式的技能，用于把源文件整理为符合 catalogue 规范的条目，包含元数据、分类与校验。
用于生成 pg_durable 持久化函数 SQL 的技能，基于 df.* 模式函数与自定义操作符构建函数图。所有 DSL 表达式均为 TEXT，仅 df.start() 真正触发执行，支持顺序、并行、竞态、条件、循环、HTTP、信号与定时等编排。
基于 scvi-tools 的单细胞组学深度学习技能，提供本地引导式工作流，用概率模型（scVI、scANVI、totalVI、PeakVI、MultiVI、DestVI、veloVI、scArches）对用户自己的 AnnData 文件进行批次校正、整合、多模态建模与参考映射。
面向现代应用的数据库专家技能，覆盖 PostgreSQL、MongoDB、Redis、Oracle 及多数据库混合架构，用于模式设计、查询优化、缓存策略与数据同步等任务。
面向 R 4.4+ 的开发技能，覆盖 tidyverse、ggplot2、Shiny、renv 与现代 R 模式，适用于数据分析管道、可视化与交互式应用开发。
用于制定数据保留与删除时间表的技能，将每类数据与保留期限、法律依据和具体删除触发条件对应，覆盖备份与日志，避免无限期保留带来的合规与泄露风险。
用于为数据集编写数据说明书（datasheet）的技能，记录数据来源、构成、采集方式、已知问题与不适用场景，帮助他人了解数据集是什么、如何制作以及何时不应使用。
用于设计基于 MotherDuck 的面向客户分析应用（CFA）的技能，帮助确定服务架构、租户隔离模型与连接策略，而非仅做仪表盘。
用于在 MotherDuck 数据之上构建可分享的 Dive 实时仪表盘，围绕 KPI、趋势与拆解讲清一个分析故事，适合需要多区块仪表盘而非单张图表的场景。
用于创建、预览、保存、样式化、更新或嵌入 MotherDuck Dive 的技能，适合需要持久化、可分享的交互式 SQL 查询场景，而非一次性图表或完整客户分析应用。
DuckLake 是 MotherDuck 上的开放表格式存储模式技能，用于判断何时应选用 DuckLake 而非原生 MotherDuck 存储，涵盖全托管、BYOB 与自有计算三种路径及维护要点。
面向内部团队在 MotherDuck 上落地自助式分析的用例技能，帮助确定首个受治理数据集、首个 Dive 或分享、归属边界与推广护栏，并编排探索、查询、建模、创建 Dive 与分享数据等流程。
用于规划迁移到 MotherDuck 的技能：从 Snowflake、Redshift、PostgreSQL、dbt 或湖仓工具迁移时，帮助确定目标模式、迁移顺序、校验方案、回滚路径与首个切换切片。
用于在 MotherDuck 中设计数据库架构与数据模型的技能，默认产出基于文件的项目脚手架，包含按生命周期分层的 SQL 文件与定义依赖关系的 manifest。
用于解释 MotherDuck 定价与 ROI 权衡的技能，适合经济决策者、技术负责人或分析主管询问支出、预算护栏与工作负载成本时使用。
用于对 MotherDuck 数据库执行 DuckDB SQL 查询的技能，适用于分析、聚合、转换与数据探索。需先通过 connect 建立连接、用 explore 确认表结构，再编写查询。
用于创建和管理 MotherDuck 数据共享（data share）的技能，实现零拷贝的数据分发。适用于向团队成员、其他组织共享数据库，或对外发布数据。共享为只读、零拷贝的数据库克隆，应视为显式的资源分配操作。
将 CookUnity 每周菜单镜像到本地 SQLite 数据库的只读 CLI 技能，可离线按宏量营养素、饮食与预算筛选，比较餐食性价比，并对比每周菜单变化。
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