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更新于 11-01 00:15

数据与分析

17,216 个结果

scvi-tools

scvi-tools 是一个基于 PyTorch 和 PyTorch Lightning 的单细胞基因组学概率模型 Python 框架,使用变分推断提供深度生成模型,用于分析多种单细胞数据模态。它支持单细胞 RNA-seq(降维、批次校正、整合)、scATAC-seq 染色质可及性、多模态数据整合(CITE-seq、multiome、配对/非配对数据集)、空间转录组(去卷积、空间映射)、差异表达分析、细胞类型注释与迁移学习,以及甲基化、流式细胞术、RNA 速率等专门模态,并支持构建自定义概率模型。所有模型遵循统一 API:setup_anndata 注册数据、创建模型、train 训练、提取潜在表示与归一化表达,结果可存回 AnnData 供 scanpy 下游分析。模型要求原始计数数据,支持 GPU 加速和批次校正。

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shap

SHAP(SHapley Additive exPlanations)是一个用于解释机器学习模型输出的技能,基于合作博弈论中的 Shapley 值构建统一的可解释性方法。该技能帮助开发者计算任意模型类型的 SHAP 值、生成特征重要性可视化图表、调试与验证模型行为、分析公平性与偏差,并在生产环境中实现可解释 AI。它支持树模型(XGBoost、LightGBM、CatBoost、随机森林)、深度学习模型(TensorFlow、PyTorch、Keras)、线性模型以及黑盒模型。技能内置多种解释器(TreeExplainer、DeepExplainer、KernelExplainer、LinearExplainer、GradientExplainer、PermutationExplainer)与可视化图表(waterfall、beeswarm、bar、scatter、force、heatmap、violin、decision 等),并提供 explainers、plots、workflows、theory 四类参考文档以指导深入使用。

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string-database

STRING Database 是一个蛋白质-蛋白质相互作用数据库,覆盖 5000 多个物种、5900 万个蛋白质和 200 亿条以上相互作用。该技能通过 REST API 提供查询能力,支持蛋白质相互作用网络检索、功能富集分析(GO、KEGG、Pfam 等)、相互作用伙伴发现、网络可视化、同源性分析以及跨物种比较。技能包含 Python 辅助函数(scripts/string_api.py)和详细参考文档(references/string_reference.md),适用于系统生物学、通路分析和蛋白质组学研究。

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umap-learn

UMAP-Learn 是一个实现 UMAP(Uniform Manifold Approximation and Projection)降维技术的 Python 库,用于可视化与通用非线性降维。UMAP 遵循 scikit-learn 约定,可作为 t-SNE 或 PCA 的替代方案,提供快速、可扩展的嵌入,能够保留数据的局部与全局结构。它适用于 2D/3D 可视化、聚类预处理(如与 HDBSCAN 配合)、监督与半监督降维、度量学习与参数化 UMAP 等场景。使用前通常需要对特征进行标准化,以保证各维度权重一致。该库支持通过 n_neighbors、min_dist、n_components、metric 等参数调节嵌入行为,并提供 transform 方法用于将新数据投影到已学习的嵌入空间。参数化 UMAP 基于 TensorFlow/Keras,支持自定义编码器与逆变换。安装命令为 uv pip install umap-learn。

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uniprot-database

UniProt Database 是一个通过 REST API 直接访问 UniProt 的技能,用于蛋白质序列与功能信息的检索与分析。它支持按名称、基因、登录号或物种搜索蛋白质,以 FASTA 等格式获取序列,在 UniProt 与 Ensembl、RefSeq、PDB 等外部数据库之间进行 ID 映射,并访问 Swiss-Prot/TrEMBL 注释。该技能提供 Python 客户端脚本,封装搜索、单条获取、批量检索、ID 映射和流式下载等常用操作,适合生物信息学中的蛋白质查询与数据获取工作流。

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vaex

Vaex 是一个面向超大规模表格数据的高性能 Python 库,采用惰性求值与核外(out-of-core)DataFrame 设计,可处理和分析超出可用内存的表格数据集。资料称其每秒可处理超过十亿行,支持对数十亿行数据进行交互式探索与分析。它适用于大于内存(从 GB 到 TB 级)的表格数据、对海量数据做快速统计聚合、为大数据创建可视化与热力图、在大数据上构建机器学习流水线、在 CSV、HDF5、Arrow、Parquet 等格式间转换,以及需要惰性求值和虚拟列以避免内存开销的场景,例如天文数据、金融时间序列等大规模科学数据。核心能力涵盖六个方面:DataFrame 与数据加载、数据处理与操作、性能与优化、数据可视化、机器学习集成、I/O 操作。典型用法是先通过 vaex.open 打开文件或从 pandas/NumPy 等创建 DataFrame,再用虚拟列、筛选与聚合进行计算,最后可视化或导出为 HDF5 等格式。

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developer-database-specialist

Developer Database Specialist 是一个面向数据库设计与安全的开发角色技能,负责为 SQL(PostgreSQL/MySQL)与 Firebase NoSQL 系统设计数据库架构、优化查询执行、编写迁移计划并配置安全访问模型。其职责包括设计关系型表、键与索引,设计 Firestore/Realtime Database 集合模式,编写迁移与种子脚本,配置 Firebase 安全规则或 Postgres 行级安全策略,并通过索引与执行计划进行性能调优。该角色强调凭据安全,禁止在前端或公开环境暴露数据库管理凭据、连接字符串或主服务密钥,禁止编写开放式通配符 Firebase 规则,要求 SQL 使用参数化查询,并设计行级安全策略限制租户数据访问。

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agentic-lookml

agentic-lookml 是一个面向 Looker LookML 工程的技能合集,用于从零编写 LookML、将分析师 SQL 查询重构为 LookML、审计现有 LookML 项目以及扩展语义模型。它整合了两部分内容:references/ 下的 14 个 SQL-to-LookML 重构模式手册,以及来自 looker-open-source/looker-skills 的 9 个 LookML 编写参考技能。前者配合 lkr parse sql-lookml-compare 评估 SQL 查询与现有 LookML 项目图谱,区分查询层计算与 LookML 层语义,并将变更路由到 Bronze、Silver、Gold 的 Medallion 分层结构;后者提供模型、视图、派生表、explore、连接、维度、度量、过滤器、参数、Liquid 变量、访问授权和 LookML 数据测试等语法规则与示例。该技能强调以 Canonical Looker Query 翻译作为是否创建派生表的判断依据,并提供端到端 SQL-to-LookML 会话与 PR 工作流。

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agentic-lookml-workflow

agentic-lookml-workflow 是 lkrdev/cli 提供的端到端智能体工作流,用于将 SQL 查询以及指标/术语逻辑重构为 Looker LookML 项目。它通过配套脚本完成仓库初始化与前置检查(检测并安装 uv、安装 lkr-dev-cli[tools,code-mode,parse]、检查 gh 认证),在开发模式下完成 Looker 认证,将开发工作区重置到生产并创建时间戳分支,生成 Bronze 基础视图、提炼 Bronze refinement 与隐藏 base explore、构建 Silver/Gold 视图与 explore、编写 LookML 数据测试,并通过 LookML 校验、SQL Runner 与 Looker 查询结果对比来检查查询一致性。流程中还包含快照检查、定向测试、提交校验与自动修复环节,最终生成带 summary.md、查询链接和对比结果折叠区的 GitHub PR。该工具要求以 --dev 开发模式运行,禁止用于生产环境,适用于已有 SQL 与指标定义、需要规范化迁移到 LookML 的数据分析团队。

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generate-view-from-table

generate-view-from-table 是面向 Medallion LookML 架构(agentic-lookml)的技能,用于检测缺失或过期的 Bronze LookML 视图,并基于数据库表结构自动生成 1:1 的物理视图文件 bronze/:table.view.lkml。该技能通过 lkr parse sql-lookml-compare 比对 SQL 查询中引用的物理表与本地 LookML 项目中的视图,识别尚未建模的表以及已有视图中未建模的物理列。生成过程支持三种方式:lkr tools lookml create 命令行工具、lkr code-mode sandbox 开发模式脚本,以及 Looker MCP Server 的 generate_view_from_table / create_view_from_table 工具。技能还包含碰撞感知的文件夹路由规则,并强调 Bronze 视图必须由工具自动生成、不得手工编写或编辑,后续的细化逻辑应放入独立的 refinement 文件。

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lkr-code-mode

lkr-code-mode 是 lkrdev/cli 提供的 Looker Code Mode 智能体技能,用于让 AI 智能体以非交互方式对 Looker 实例执行 Python 代码、脚本或 Looker SDK 操作。它通过 Monty 沙箱运行代码,将 Looker SDK 的全部方法预先绑定为全局函数,无需实例化 SDK,也无需编写 import 语句;返回值是普通 Python 字典和列表,最终结果以结构化 JSON 输出。安装方式为 npx skills add lkrdev/cli --skill lkr-code-mode,执行命令为 lkr code-mode sandbox,支持内联代码、脚本文件、变量注入和开发模式。该技能还提供身份认证流程(OAuth 或 API Key)以及一批内置的 SDK 探索函数和示例脚本,适合需要批量查询 Looker 数据、遍历文件夹、管理 LookML 项目的自动化场景。

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lkr-project-helper

lkr-project-helper 是 lkrdev/cli 提供的技能,用于引导 AI 智能体完成 Looker LookML 项目的创建、配置、生成、同步与部署。它通过 uvx lkr-dev-cli 与 lkr code-mode sandbox --dev-mode 运行一系列 Python 脚本,覆盖数据库连接检查、项目与裸 Git 仓库及开发者副本初始化、模型配置、基于表结构或原始 SQL 或自然语言意图生成 LookML 视图与 Explore、本地文件拉取与推送、严格校验后提交并部署到生产环境,以及重置开发者工作区。该技能需与 lkr-code-mode 配合使用,通过 npx skills 安装。

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lookml

LookML 语法与编写参考技能,来源于 looker-open-source/looker-skills,提供模型、视图、派生表、Explore、连接等子技能索引。该技能按主题拆分为多个子技能文件(sub-skills/*/SKILL.md),涵盖 LookML Model 文件编写、View 定义与 sql_table_name、Explore 与 joins、字段类型(Dimension、Measure、Filter、Parameter)及 sql 参数、includes 与 refinements 分层、Liquid 变量与高级 Liquid 编译器模式、多事实表 Explore 的 OJOF 模式、sets 字段分组、Access Grants 行级/对象级安全,以及 LookML 测试规范。适合需要编写或重构 Looker 数据建模代码的开发者按需查阅子技能。

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data-migration-best-practices

该技能提供操作性数据迁移指导,适用于在模式、数据库、服务或存储技术之间移动或转换持久化数据,以及执行相关迁移作业的场景。其核心主张是把迁移视为一个临时的生产系统,需要明确正确性、容量、可观测性和退役标准,而不是把它当作普通重构。内容覆盖完整工作流:定义源权威与目标契约、选定稳定快照边界并捕获实时变更、兼容扩展目标模式、以有界幂等可恢复批次回填、应用增量、按水位对账、通过新鲜度与差异门禁后才切换、观察期后再收缩旧结构;并给出决策规则、安全不变量、切换门禁与相关技能参考。

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