用途
STRING Database 技能用于查询 STRING 蛋白质-蛋白质相互作用数据库。STRING 收录了 5000 多个生物体中 5900 万个蛋白质和 200 亿条以上的已知及预测相互作用。该技能通过 REST API 支持相互作用网络检索、功能富集分析、相互作用伙伴发现、网络可视化、同源性分析和跨物种比较，主要面向系统生物学与通路分析场景。
主要能力
技能提供以下核心操作：
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标识符映射（string_map_ids）：将基因名、蛋白质名和外部 ID 转换为 STRING 标识符。建议在任何 STRING 分析开始时先执行映射，以加快后续查询。
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网络检索（string_network）：以表格形式获取蛋白质相互作用网络数据，输出包含相互作用对、置信度分数以及各证据通道分数（邻域、融合、共表达、实验、数据库、文本挖掘）。
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网络可视化（string_network_image）：生成 PNG 格式的网络图，支持 evidence、confidence、actions 三种可视化风格。
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相互作用伙伴（string_interaction_partners）：查找与给定蛋白质相互作用的所有蛋白质，用于发现新相互作用、识别枢纽蛋白和扩展网络。
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功能富集（string_enrichment）：对蛋白质列表进行 Gene Ontology、KEGG 通路、Pfam 结构域、InterPro、SMART、UniProt Keywords 等类别的富集分析，采用 Fisher 精确检验和 Benjamini-Hochberg FDR 校正。
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PPI 富集（string_ppi_enrichment）：检验蛋白质网络是否比随机预期具有显著更多的相互作用，用于验证蛋白质是否形成功能模块。
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同源性分数（string_homology）：获取蛋白质相似性和同源性信息，用于识别蛋白质家族、旁系同源分析和跨物种比较。
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版本信息（string_version）：获取当前 STRING 数据库版本，用于确保可重复性和记录方法。
使用方式
技能提供 Python 辅助函数（scripts/string_api.py）和详细参考文档（references/string_reference.md）。用户请求 STRING 数据时，需确定所需操作并从 scripts/string_api.py 调用相应函数。
常用参数包括：
- species：NCBI 分类 ID（9606 人类、10090 小鼠、7227 果蝇等）
- required_score：置信度阈值（0-1000），150 低置信度、400 中置信度（默认）、700 高置信度、900 最高置信度
- network_type：'functional'（所有证据，默认）或 'physical'（仅直接结合）
- add_nodes：添加 N 个连接最多的蛋白质（0-10）
- limit：返回的伙伴数量上限
技能文档还提供了多个常见分析工作流，包括蛋白质列表分析、单蛋白质调查、通路中心分析、跨物种分析和网络扩展发现。
适用场景
- 检索单个或多个蛋白质的相互作用网络
- 对蛋白质列表进行功能富集分析（GO、KEGG、Pfam）
- 发现相互作用伙伴并扩展蛋白质网络
- 检验蛋白质是否形成显著富集的功能模块
- 生成基于证据着色的网络可视化
- 分析同源性和蛋白质家族关系
- 进行跨物种蛋白质相互作用比较
- 识别枢纽蛋白和网络连接模式
限制
- 使用 API 时应遵守速率限制，建议调用之间等待 1 秒。
- 网络查询超过 10 个蛋白质时需指定物种。
- 返回字符串中若以 "Error:" 开头表示出错，需妥善处理。
- 置信度阈值的选择存在权衡：较低阈值召回率高但假阳性多，较高阈值精确度高但假阴性多。
- 关于收费、价格、平台支持等具体信息，资料中暂未提供。