用途:ZINC 是 UCSF 维护的免费可购买化合物库,主要用于虚拟筛选、先导化合物发现、分子对接、类似物搜索与化学空间探索。当前主版本 ZINC22 收录 2.3 亿以上可购买化合物,并含十亿级按需合成化合物;另有 ZINC20、ZINC15 等旧版本。
主要能力:可按 ZINC ID 精确检索;按 SMILES 做精确或相似性搜索(dist、adist 距离参数);按供应商编号查询;随机采样化合物集;通过 output_fields 自定义返回字段(zinc_id、smiles、sub_id、supplier_code、catalogs、tranche)。tranche 编码分子性质,格式为 H##P###M###-phase,分别表示氢键供体数、LogP×10、分子量与反应性分类。3D 结构可从 https://files.docking.org/zinc22/ 下载,提供 MOL2、SDF、DB2.GZ 等格式。
使用方式:网页入口为 https://zinc.docking.org/ 与 https://cartblanche22.docking.org/;API 基址为 https://cartblanche22.docking.org/。示例:按 ID 查询 curl "https://cartblanche22.docking.org/substances.txt:zinc_id=ZINC000000000001&output_fields=smiles,zinc_id";按 SMILES 相似搜索 curl "https://cartblanche22.docking.org/smiles.txt:smiles=c1ccccc1&dist=3&output_fields=zinc_id,smiles,tranche";随机采样 curl "https://cartblanche22.docking.org/substance/random.txt:count=100&subset=lead-like"。结果可用 pandas 按制表符解析。
适用场景:对接库准备、命中化合物类似物查找、批量化合物检索、化学空间采样、供应商可用性核对。
限制:官方声明不保证分子质量,不承担使用错误的责任;化合物可用性可能变化,结构表示可能有误,供应商信息需自行核实。使用时应遵守速率限制、注意缓存与批量下载,并用 RDKit、OpenBabel 等工具校验结构。商业使用需确认许可条款。具体收费与价格信息暂未提供。