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更新于 10-30 00:12

数据与分析

17,183 个结果

impact-measurement

该技能用于对新增或变更的技术产物进行定量成本测量,包括 token 注入成本、负载大小、文件体积增长与上下文窗口占用。所有测量均来自对实际文件的工具调用,而非记忆或估算;若无基准数据,会明确记录搜索过的来源并注明未找到。它是多角度技术研究系统中的一个研究角度,与 api-state、ecosystem-research 并行运行,并将结果返回给调用的技术研究编排器。

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vasp

VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)计算设置专家助手技能,帮助用户生成正确的输入文件(INCAR、POSCAR、KPOINTS、POTCAR),针对不同计算类型选择最优参数,并遵循准确高效的 DFT 计算最佳实践。该技能覆盖结构弛豫、静态计算、能带结构与态密度、分子动力学、声子与弹性性质,以及 GW、杂化泛函、DFPT 等高级方法,并提供参数选择、收敛测试、常见报错处理与并行优化等指导。

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brenda-database

BRENDA Database 是一个通过 SOAP API 访问 BRENDA 酶数据库的技能,用于检索酶动力学参数(Km、kcat、Vmax)、反应方程式、生物体数据、底物特异性、最适条件、抑制剂与激活剂等信息。BRENDA 是综合性酶信息系统,收录超过 45,000 种酶及数百万条动力学数据点,适用于生化研究、代谢工程和酶发现。该技能提供 Python 客户端与辅助脚本,支持按 EC 编号、生物体、底物等条件查询,并包含数据解析、可视化、通路构建等功能。使用前需安装 zeep、requests、pandas、matplotlib、seaborn,并配置 BRENDA 账号凭据。

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clinicaltrials-database

ClinicalTrials.gov 数据库技能,通过 ClinicalTrials.gov API v2 查询全球临床试验注册信息。可按疾病/状况、药物/干预措施、地点、招募状态、试验阶段、申办方等条件检索试验,按 NCT ID 获取试验详情,支持分页批量获取与 CSV 导出。API 为公开接口,无需认证,速率限制约每分钟 50 次请求,支持 JSON 与 CSV 格式。适用于患者匹配、研究分析、药物研发追踪、地理检索、机构追踪、数据导出、试验监测与入组资格筛查等场景。

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datacommons-client

Data Commons Client 是一个用于访问 Data Commons 平台的 Python 客户端技能。Data Commons 将来自各国人口普查机构、卫生组织、环境机构等权威来源的公共统计数据聚合为统一的知识图谱。该技能提供对 Data Commons Python API v2 的完整访问能力,支持查询统计观测值、探索知识图谱以及解析实体标识符。安装方式为 uv pip install "datacommons-client[Pandas]"(含 Pandas 支持)或 uv pip install datacommons-client(基础版)。API 包含三个主要端点:Observation 端点用于查询时间序列统计数据,如人口、经济、健康或环境统计;Node 端点用于探索知识图谱中的实体关系与属性;Resolve 端点用于将实体名称、坐标或外部 ID 转换为 Data Commons ID(DCID)。适用于人口统计、经济指标、健康数据、环境统计等公共数据的查询与分析场景。

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drugbank-database

DrugBank Database 是一个用于访问和分析 DrugBank 综合药物数据库的技能,涵盖约 9,591 条药物条目(含 2,037 个 FDA 批准的小分子、241 个生物技术药物、96 个营养保健品及 6,000 多个实验化合物),每条目含 200 多个数据字段。该技能通过 Python 提供数据下载与认证、药物信息查询、药物相互作用分析、药物靶点与通路分析、化学性质与相似性计算等能力,适用于药物发现、多重用药安全分析、药物重定位研究及药理学研究等场景。

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ena-database

ENA Database 技能用于通过 REST API 与 FTP 访问欧洲核苷酸档案库(European Nucleotide Archive,ENA),检索 DNA/RNA 序列、原始测序读段(FASTQ)、基因组组装及功能注释等数据,适用于基因组学与生物信息学流程。该技能覆盖 ENA 的层级化数据类型(研究/项目、样本、实验、运行、组装、序列、分析、分类记录),提供 Portal API、Browser API、分类学 REST API、交叉引用服务与 CRAM 参考序列注册表等程序化访问方式,并支持 XML、JSON、TSV/CSV、FASTQ、BAM/CRAM、FASTA、EMBL 等多种格式。所有 API 限速为每秒 50 次请求,超出将返回 HTTP 429。技能还包含批量下载(FTP、Aspera、enaBrowserTools)与 BLAST 集成等实践建议,并附带 API 参考文档。

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ensembl-database

Ensembl 数据库技能用于访问和查询 EMBL-EBI 维护的 Ensembl 基因组数据库 REST API,覆盖 250 多个物种。支持基因查询、序列获取、变异分析、比较基因组学、同源基因查找、VEP 预测、基因组区域分析以及不同基因组组装版本间的坐标转换。当前版本为 115(2025 年 9 月)。可通过 Python 的 ensembl_rest 包或直接调用 REST API 使用,适用于基因组研究流程中的数据集成与查询。

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fda-database

fda-database 是一个用于访问 openFDA 开放 API 的技能,通过 Python 标准化接口查询 FDA 监管数据。它覆盖药品、医疗器械、食品、动物/兽医产品以及物质标识等多个数据集,可获取不良事件报告、产品标签、审批信息、召回与执法行动、NDC 编码、UNII 物质标识、器械分类与 510(k)/PMA 许可、药品短缺等数据。该技能适用于药物安全研究、器械上市后监测、食品安全召回追踪、兽药不良反应分析、化学物质查询和监管合规分析等场景。使用前需安装 Python 环境,可选注册 API 密钥以提高调用配额(无密钥 240 次/分钟、1000 次/天;有密钥 240 次/分钟、120000 次/天)。

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geo-database

GEO Database 技能用于访问 NCBI 基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus),检索和下载基因表达与功能基因组学数据。GEO 是 NCBI 的公共存储库,收录超过 264,000 项研究、800 多万个样本,涵盖微阵列和测序实验。该技能适用于搜索基因表达数据集、获取实验数据、下载原始与处理后文件、查询表达谱,以及将 GEO 数据整合到计算分析流程中。核心能力包括理解 GEO 的分层数据组织(GSE 系列、GSM 样本、GPL 平台、GDS 数据集、Profiles 表达谱),使用 Entrez 进行数据集与表达谱搜索,通过 GEOparse 库下载和解析数据,使用 NCBI E-utilities 进行底层元数据访问,通过 FTP 直接下载数据文件,以及对 GEO 数据进行质量控制、差异表达分析、相关性与聚类分析等。

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hmdb-database

HMDB(人类代谢组数据库)是一个免费开放的小分子代谢物综合资源库,收录人体内水溶性和脂溶性代谢物信息。当前版本 v5.0 包含 220,945 条代谢物条目、8,610 条代谢相关酶与转运蛋白序列,每条代谢物提供 130 多个数据字段,涵盖化学性质(结构、分子式、分子量、InChI、SMILES)、临床数据(生物标志物关联、疾病、正常/异常浓度)、生物学信息(通路、反应、定位)、波谱数据(NMR、MS、MS-MS)以及 KEGG、PubChem、MetaCyc、ChEBI、PDB、UniProt、GenBank 等外部数据库链接。该技能适用于代谢组学研究、临床化学、生物标志物发现和代谢物鉴定等任务,支持通过网页界面进行文本、结构(ChemQuery)、波谱和高级组合检索,也提供 XML、SDF、FASTA、TXT、CSV/TSV 等格式的批量数据下载。HMDB 不提供公开 REST API,程序化访问需联系开发团队,或使用 R/Bioconductor 的 hmdbQuery 包及本地解析下载数据集。学术和非商业研究免费使用,商业用途需获得明确许可。

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metabolomics-workbench-database

该技能通过 REST API 访问美国 NIH 资助、托管于 UCSD 的 Metabolomics Workbench 代谢组学数据平台,可查询 4,200 多项研究(其中 3,790+ 项公开)、RefMet 标准化代谢物命名、GC-MS/LC-MS/NMR 数据、m/z 搜索及研究元数据。支持按 PubChem CID、InChI Key、KEGG ID、HMDB ID 等标识符检索化合物信息,下载 MOL/PNG 结构,访问研究摘要与实验数据(含 mwTab 格式),按离子加合物和质量容差进行质谱搜索,使用 MetStat 按分析方法、极性、色谱类型、物种、样本来源、疾病等条件筛选研究,并查询基因与蛋白质信息。输出支持 JSON 与 TXT 两种格式。适用于代谢组学数据检索、代谢物命名标准化、质谱化合物鉴定和疾病相关研究探索。

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reactome-database

Reactome Database 是一个免费、开源的精选通路(pathway)数据库技能,包含 2,825+ 条人类通路。它通过 Reactome 内容服务(ContentService)与分析服务(AnalysisService)的 REST API,以及 reactome2py Python 客户端,支持查询生物通路、进行过表征(overrepresentation)与表达数据分析、将基因或蛋白质映射到通路、探索分子相互作用、研究疾病相关通路,并可借助分析 token 在 Reactome Pathway Browser 中可视化结果,面向系统生物学研究场景。

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