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chembl-database

数据与分析

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更新于 10-15 23:43

技能介绍

用途:ChEMBL 是欧洲生物信息研究所(EBI)人工整理的生物活性分子数据库,用于药物发现与药物化学研究。可通过 ChEMBL Python 客户端以编程方式查询化合物、靶点、生物活性、药物与结构数据。

主要能力:按名称、结构或性质检索分子;获取蛋白、酶等靶点信息;查询 IC50、Ki、EC50 等活性数据;查询已上市药物的机制与适应症;进行相似性与子结构搜索;分析分子性质与类药性;探索化合物-靶点相互作用。

使用方式:安装客户端 uv pip install chembl_webresource_client。通过 from chembl_webresource_client.new_client import new_client 访问 molecule、target、activity、drug 等端点。支持 Django 风格过滤运算符(__exact、__icontains、__lte、__range、__in、__isnull 等)。结果可转为 pandas DataFrame 分析。客户端默认缓存 24 小时,查询为惰性求值,需转 list 强制执行,结果自动分页。

适用场景:寻找靶点抑制剂、分析已知药物、构效关系(SAR)研究、药物重定位探索、虚拟筛选等。

限制:数据虽人工整理但可能存在不一致,需检查 data_validity_comment 与 potential_duplicate 标记;活性值使用标准单位(nM、uM 等),pchembl_value 为归一化活性;需遵守公平使用政策,避免高频请求,大数据集建议批量下载;结构格式以 SMILES 为主,也提供 InChI key 与 SVG 图像。